More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0005 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0005  RagB/SusD domain protein  100 
 
 		 504 aa  1043    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3250  RagB/SusD domain-containing protein  54.31 
 
 		 511 aa  559  1e-158  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2244  RagB/SusD domain protein  44.24 
 
 		 532 aa  395  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.170816  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3124  RagB/SusD domain protein  34.06 
 
 		 488 aa  259  7e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.115801  normal  0.453004 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6054  RagB/SusD domain protein  31.07 
 
 		 499 aa  186  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3524  RagB/SusD domain-containing protein  30.97 
 
 		 487 aa  181  2.9999999999999997e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4041  RagB/SusD domain protein  31.59 
 
 		 477 aa  181  4e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0107  RagB/SusD domain protein  33.01 
 
 		 476 aa  180  5.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0773  RagB/SusD domain protein  30.04 
 
 		 483 aa  173  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.961252  normal  0.23471 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4455  RagB/SusD domain protein  30.53 
 
 		 506 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000846539  normal  0.670617 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4433  RagB/SusD domain-containing protein  29.29 
 
 		 494 aa  159  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.51618  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0931  RagB/SusD domain protein  29.81 
 
 		 494 aa  156  1e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00244516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3391  RagB/SusD domain protein  31.88 
 
 		 507 aa  155  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540028  normal  0.274912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1495  RagB/SusD domain protein  28.17 
 
 		 506 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.253352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0755  RagB/SusD domain protein  30.42 
 
 		 494 aa  152  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.906028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1724  RagB/SusD domain protein  27.43 
 
 		 491 aa  145  1e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1583  RagB/SusD domain protein  28.71 
 
 		 479 aa  145  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00621618  normal  0.437007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4818  RagB/SusD domain protein  27.66 
 
 		 486 aa  143  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0677815  unclonable  0.0000000000000348036 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4646  RagB/SusD domain-containing protein  26.52 
 
 		 490 aa  141  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.600007  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0680  RagB/SusD domain protein  26.6 
 
 		 477 aa  139  8.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1275  RagB/SusD domain protein  28.13 
 
 		 460 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.583707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6287  RagB/SusD domain protein  28.04 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360151 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4318  RagB/SusD domain protein  27.49 
 
 		 481 aa  137  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0553974 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3634  RagB/SusD domain protein  28.21 
 
 		 508 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.623243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5331  RagB/SusD domain protein  28.8 
 
 		 541 aa  135  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0214505  normal  0.577233 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3595  RagB/SusD domain protein  27.66 
 
 		 527 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.237544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1656  RagB/SusD domain protein  29.55 
 
 		 497 aa  133  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3870  RagB/SusD domain-containing protein  27.13 
 
 		 498 aa  133  6.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248974  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6447  RagB/SusD domain protein  27.02 
 
 		 527 aa  133  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1035  RagB/SusD domain protein  29.3 
 
 		 503 aa  133  7.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.896019  normal  0.0661736 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4497  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 		 531 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.515459 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1774  RagB/SusD domain protein  28.34 
 
 		 548 aa  131  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.475822  normal  0.891404 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6739  RagB/SusD domain protein  27.82 
 
 		 513 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5550  RagB/SusD domain protein  27.32 
 
 		 520 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.255381  normal  0.337883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2522  RagB/SusD domain protein  28.1 
 
 		 522 aa  130  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2081  RagB/SusD domain protein  26.99 
 
 		 473 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0159839  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1590  RagB/SusD domain protein  26.71 
 
 		 540 aa  128  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.361992 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1561  RagB/SusD domain-containing protein  27.26 
 
 		 511 aa  127  4.0000000000000003e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6530  RagB/SusD domain protein  27.48 
 
 		 521 aa  127  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5314  RagB/SusD domain protein  27.82 
 
 		 486 aa  127  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000248679  normal  0.692044 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4950  RagB/SusD domain-containing protein  27.62 
 
 		 532 aa  123  7e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  unclonable  0.000000000321491  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2021  RagB/SusD domain-containing protein  25.23 
 
 		 507 aa  122  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.367368  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4848  RagB/SusD domain protein  25.68 
 
 		 523 aa  120  7.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.101496  hitchhiker  0.00561902 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5654  RagB/SusD domain protein  25 
 
 		 511 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.576188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2413  RagB/SusD domain protein  27.12 
 
 		 480 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3372  RagB/SusD domain protein  26.23 
 
 		 549 aa  118  3e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2432  RagB/SusD domain-containing protein  27.94 
 
 		 499 aa  117  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.199141  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2232  RagB/SusD domain protein  27.76 
 
 		 486 aa  117  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3171  RagB/SusD domain protein  25.08 
 
 		 579 aa  116  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2721  RagB/SusD domain protein  25.89 
 
 		 550 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0628838  normal  0.846389 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1499  RagB/SusD domain protein  25.8 
 
 		 519 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0954424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5395  RagB/SusD domain protein  28.17 
 
 		 506 aa  114  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0481462  normal  0.244827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1765  RagB/SusD domain protein  24.46 
 
 		 481 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000000990073  normal  0.167051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2293  RagB/SusD domain protein  27.86 
 
 		 514 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3809  RagB/SusD domain protein  26.28 
 
 		 469 aa  114  5e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00323854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0963  RagB/SusD domain protein  26.14 
 
 		 514 aa  113  8.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000181436  hitchhiker  0.00536177 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4380  RagB/SusD domain protein  24.95 
 
 		 478 aa  112  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.834955  normal  0.352412 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2140  RagB/SusD domain protein  26.27 
 
 		 529 aa  110  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.305226 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1129  RagB/SusD domain protein  29.6 
 
 		 493 aa  110  5e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.259882  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3213  RagB/SusD domain protein  26.33 
 
 		 510 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1564  RagB/SusD domain protein  24.85 
 
 		 484 aa  108  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6367  RagB/SusD domain protein  25.3 
 
 		 547 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0017837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2828  RagB/SusD domain protein  26 
 
 		 549 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.251846  normal  0.0738006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2855  RagB/SusD domain protein  27.8 
 
 		 479 aa  107  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.142091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1619  RagB/SusD domain protein  27.5 
 
 		 448 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299192  normal  0.510793 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0869  RagB/SusD domain protein  27.01 
 
 		 503 aa  107  7e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0508495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2709  RagB/SusD domain protein  27.39 
 
 		 489 aa  106  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.000284151  normal  0.714697 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0688  RagB/SusD domain protein  25.23 
 
 		 500 aa  106  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0549039  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2208  RagB/SusD domain protein  24.91 
 
 		 531 aa  106  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.721066  normal  0.400828 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0338  RagB/SusD domain protein  26.55 
 
 		 447 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2603  RagB/SusD domain protein  26.88 
 
 		 497 aa  106  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6683  RagB/SusD domain protein  27.97 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5114  RagB/SusD domain protein  27.57 
 
 		 480 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.184484  normal  0.114098 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1658  RagB/SusD domain protein  27.08 
 
 		 464 aa  104  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.175275  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0199  RagB/SusD domain protein  26.14 
 
 		 511 aa  103  7e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.820829  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6428  RagB/SusD domain protein  26.94 
 
 		 466 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3195  RagB/SusD domain protein  26.52 
 
 		 472 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.803045  normal  0.231772 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4010  RagB/SusD domain protein  28.57 
 
 		 480 aa  102  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.19727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6568  RagB/SusD domain protein  26.58 
 
 		 502 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.101345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4209  RagB/SusD domain protein  26.49 
 
 		 456 aa  101  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1344  RagB/SusD domain protein  29.65 
 
 		 557 aa  100  5e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11655  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5600  RagB/SusD domain protein  26.35 
 
 		 488 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.635453 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3589  RagB/SusD domain protein  25.47 
 
 		 492 aa  100  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000864206  hitchhiker  0.000240178 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0042  RagB/SusD domain protein  27 
 
 		 472 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2453  RagB/SusD domain protein  24.74 
 
 		 540 aa  99.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00111761  normal  0.539083 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4718  RagB/SusD domain protein  27.73 
 
 		 499 aa  99.4  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0322  RagB/SusD domain protein  26.37 
 
 		 534 aa  99  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0946991  normal  0.209656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3165  RagB/SusD domain protein  25.29 
 
 		 456 aa  99.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0956  RagB/SusD domain protein  26.86 
 
 		 498 aa  98.6  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.587305  normal  0.507784 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1282  RagB/SusD domain protein  26.65 
 
 		 613 aa  97.8  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4549  RagB/SusD domain protein  24.37 
 
 		 476 aa  97.4  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0213349  normal  0.0641014 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2081  RagB/SusD domain protein  28.06 
 
 		 500 aa  97.1  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1301  RagB/SusD domain protein  25.67 
 
 		 571 aa  97.1  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.0026313  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11493  putative outer membrane protein  26.36 
 
 		 476 aa  96.7  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.494565  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0273  RagB/SusD domain protein  26.44 
 
 		 582 aa  95.9  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.13078 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0554  hypothetical protein  25.14 
 
 		 458 aa  95.5  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.704424  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1481  RagB/SusD domain protein  26.76 
 
 		 499 aa  95.9  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.476602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3539  RagB/SusD domain protein  25.83 
 
 		 496 aa  95.1  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.247427  normal  0.288919 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5058  RagB/SusD domain protein  24.44 
 
 		 493 aa  95.1  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.135976 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2080  RagB/SusD domain protein  24.61 
 
 		 457 aa  94.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0104067  normal  0.366822 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>