195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5032 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 140 aa  278  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 168 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  31.78 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  34.07 
 
 		 162 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 159 aa  67  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  32.12 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 168 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 171 aa  65.5  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 178 aa  63.9  0.0000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  34.62 
 
 		 166 aa  62  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  35.35 
 
 		 164 aa  62.4  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 151 aa  61.2  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 		 146 aa  60.5  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 158 aa  58.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0978  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2052  transcriptional regulator, MarR family  32.33 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000132777 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  23.58 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  34.62 
 
 		 168 aa  53.9  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 152 aa  52.8  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  32.32 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 159 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 191 aa  52  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1198  MarR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 170 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.266179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1971  MarR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 162 aa  51.2  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.30149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 183 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0509  MarR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 150 aa  50.8  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.304563  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  35 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 158 aa  49.7  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 164 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2804  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.0000371866  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0515  transcriptional regulator, MarR family  33.64 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.628679  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  28.83 
 
 		 160 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0701  transcriptional regulator, MarR family  27.74 
 
 		 148 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255287  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0187  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 167 aa  48.9  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 144 aa  48.1  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  28.03 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0521  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 150 aa  47.8  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.142472  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3268  MarR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 199 aa  47.4  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976958 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 155 aa  47.4  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 137 aa  47.4  0.00007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 153 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 144 aa  47  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 141 aa  47  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 165 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  30 
 
 		 153 aa  47  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  26.17 
 
 		 170 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 151 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2637  MarR family transcriptional regulator  21.14 
 
 		 152 aa  46.6  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00137788  normal  0.21976 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3781  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 164 aa  46.2  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 162 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 150 aa  47  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2271  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1637  transcriptional regulator, MarR family  25.62 
 
 		 158 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.615997 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11880  transcriptional regulator  29.1 
 
 		 147 aa  45.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3493  MarR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00603959  normal  0.317297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 160 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3163  transcriptional regulator MarR family  30.61 
 
 		 154 aa  45.4  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165579  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0324  transcriptional regulator, MarR family  29.09 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.491291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1757  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 150 aa  46.2  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.888678  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5540  transcriptional regulator, MarR family  29.81 
 
 		 148 aa  45.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.971707 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 304 aa  45.4  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  22.22 
 
 		 141 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 140 aa  45.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2813  MarR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 160 aa  44.7  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0313232  normal  0.34427 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 145 aa  44.7  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 138 aa  44.7  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0482  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 162 aa  44.7  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.537817  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 169 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6384  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 143 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 165 aa  44.3  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 160 aa  44.7  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2197  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 170 aa  44.3  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0027451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 		 149 aa  44.3  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4468  transcriptional regulator, TrmB  30.53 
 
 		 206 aa  43.9  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160154  normal  0.0294539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1537  transcriptional regulator, MarR family  25.18 
 
 		 144 aa  44.3  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 163 aa  43.9  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  28.35 
 
 		 153 aa  43.9  0.0008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0283  transcriptional regulator, MarR family  29.9 
 
 		 146 aa  43.9  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 173 aa  43.5  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3655  MarR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 163 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00553213  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 159 aa  42.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1448  transcriptional regulator, MarR family  20.45 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.165175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2286  hypothetical protein  27.07 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  24.56 
 
 		 155 aa  43.1  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>