202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3545 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 163 aa  325  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 154 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 168 aa  82  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  33.85 
 
 		 149 aa  79  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 152 aa  71.2  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  35.29 
 
 		 164 aa  69.7  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 148 aa  68.9  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 147 aa  67.8  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 151 aa  67  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4468  transcriptional regulator, TrmB  34.93 
 
 		 206 aa  67  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160154  normal  0.0294539 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 171 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  32.12 
 
 		 151 aa  65.1  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  37 
 
 		 150 aa  65.1  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  28.57 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 144 aa  60.5  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  33 
 
 		 160 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  21.21 
 
 		 159 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  29.79 
 
 		 174 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  28.47 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 209 aa  53.9  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 152 aa  53.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 173 aa  53.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 304 aa  53.1  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  52.4  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 149 aa  52.4  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 149 aa  52.4  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 144 aa  51.6  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  27.52 
 
 		 161 aa  51.6  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 140 aa  51.2  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1960  MarR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 179 aa  51.2  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 149 aa  50.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 149 aa  50.8  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  51.2  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 161 aa  50.8  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2167  transcriptional regulator, MarR family  27.61 
 
 		 161 aa  50.4  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5793  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 186 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.33 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.33 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.33 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.33 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  23.44 
 
 		 171 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.33 
 
 		 146 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 152 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  26.73 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 174 aa  49.3  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 179 aa  48.5  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01430  transcriptional regulator  28.15 
 
 		 161 aa  48.5  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0842  transcriptional regulator, MarR family  38.75 
 
 		 179 aa  48.5  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.701585 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1979  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 144 aa  48.1  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0908  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 304 aa  48.1  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1152  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 179 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.327782  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0252  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 179 aa  47.8  0.00006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0404  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 138 aa  47.8  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2250  transcriptional regulator, MarR family  35.11 
 
 		 166 aa  48.1  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.4153  hitchhiker  0.000614739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 153 aa  47.8  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2856  transcriptional regulator, MarR family  28.83 
 
 		 193 aa  47.8  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0586  MarR family regulatory protein  27.54 
 
 		 164 aa  47.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.7562  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  30.25 
 
 		 137 aa  47.8  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  24.83 
 
 		 172 aa  47.4  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 165 aa  47.4  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 168 aa  47.4  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0350  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0283  transcriptional regulator, MarR family  31.48 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 183 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  26.14 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4545  MarR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.257542 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4143  MarR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 158 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.307791  hitchhiker  0.00487322 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 185 aa  47.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  36.11 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5147  transcriptional regulator, TrmB  31.73 
 
 		 160 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0142176 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2052  transcriptional regulator, MarR family  27.18 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000132777 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2286  hypothetical protein  35.53 
 
 		 167 aa  45.8  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 173 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  26.14 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3950  transcriptional regulator, MarR family  32.65 
 
 		 180 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3564  MarR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 172 aa  45.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  30.21 
 
 		 158 aa  45.8  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2565  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 176 aa  45.4  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.137781  hitchhiker  0.0000747398 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>