More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0488 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 160 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  72.5 
 
 		 159 aa  229  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  68.94 
 
 		 161 aa  226  9e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 162 aa  196  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 153 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1889  MarR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 182 aa  104  6e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 174 aa  97.8  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  42.11 
 
 		 154 aa  95.5  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  41.35 
 
 		 154 aa  94  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0096  MarR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 141 aa  89.7  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 160 aa  89  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 169 aa  83.2  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 142 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3300  transcriptional regulator, MarR family  35.04 
 
 		 147 aa  80.5  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0659  MarR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 159 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4464  MarR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 146 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3246  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 147 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2226  MarR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971671 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3794  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 149 aa  75.1  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  34.56 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  34.62 
 
 		 149 aa  71.6  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  35.2 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 156 aa  67.8  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2258  MarR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 155 aa  67  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148664  normal  0.143759 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  31.01 
 
 		 140 aa  67  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2677  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 153 aa  66.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3061  MarR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  34.06 
 
 		 148 aa  64.7  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 148 aa  64.3  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0811  transcriptional regulator, MarR family  34.26 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.770437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1972  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.195696  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 143 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  28.68 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1989  MarR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.7942 
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  29.09 
 
 		 144 aa  61.2  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4174  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  29.55 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  34.55 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2214  transcriptional regulator SlyA  30.23 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.559997  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1199  regulatory protein MarR  32.43 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1458  regulatory protein  29.1 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.714461 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  35.04 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  32.77 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 153 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1940  transcriptional regulator, MarR family  34.29 
 
 		 159 aa  58.2  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  29.55 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6318  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3482  MarR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 171 aa  57.8  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2587  MarR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.443857  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  29.71 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  29.63 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1782  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2105  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 139 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000763901  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  30.08 
 
 		 151 aa  57.4  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  31.93 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3704  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  28.93 
 
 		 146 aa  57.4  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0436  MarR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0742867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1028  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 146 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.663158  hitchhiker  0.00390139 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1620  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 140 aa  57  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  28.95 
 
 		 138 aa  57  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  35.61 
 
 		 153 aa  57  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 154 aa  57  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3085  MarR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.729277  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  27.21 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3138  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1928  transcriptional regulator, MarR family  26.52 
 
 		 138 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.428879 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4395  MarR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  27.91 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>