More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2006 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 138 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  76.47 
 
 		 138 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  76.47 
 
 		 138 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  76.47 
 
 		 138 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  76.47 
 
 		 138 aa  208  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  77.21 
 
 		 143 aa  208  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  76.64 
 
 		 157 aa  207  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  75 
 
 		 139 aa  206  8e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  75.74 
 
 		 143 aa  205  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  75.74 
 
 		 143 aa  205  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  72.59 
 
 		 138 aa  203  7e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  72.59 
 
 		 138 aa  202  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  72.79 
 
 		 139 aa  202  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  72.99 
 
 		 154 aa  201  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 147 aa  200  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2546  MarR family transcriptional regulator  68.38 
 
 		 137 aa  178  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  34.85 
 
 		 142 aa  100  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 148 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 150 aa  74.3  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  33.83 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  37.38 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  37.38 
 
 		 142 aa  72.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 137 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3382  MarR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  34.58 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 149 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4622  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 174 aa  66.6  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3737  MarR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  27.94 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  31.36 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 155 aa  61.6  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2923  MarR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  30.19 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2782  transcriptional regulator, MarR family  28.21 
 
 		 192 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00307717  normal  0.0921189 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4961  transcriptional regulator, MarR family  28.21 
 
 		 192 aa  60.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0717313  normal  0.154952 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1286  transcriptional regulator, MarR family  32.06 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.204943 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4102  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 		 138 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4422  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 		 140 aa  58.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  33.06 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 159 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 153 aa  57.8  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0925  regulatory protein MarR  31.63 
 
 		 195 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.101489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  27.87 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0886  transcriptional regulator, MarR family  31.63 
 
 		 161 aa  57.4  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541526  normal  0.759862 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1975  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 155 aa  57  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0153804  normal  0.896313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  35.71 
 
 		 149 aa  57  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 160 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 159 aa  57  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  26.87 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8631  Transcriptional regulators-like protein  34.02 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0861  transcriptional regulator, MarR family  30.61 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.440211 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4809  MarR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0083  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645413  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  32.81 
 
 		 172 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  28.91 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1719  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 145 aa  54.7  0.0000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  30 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0783  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 158 aa  55.1  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1192  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.428453  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2856  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.843332 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  31.78 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  31.86 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  25.93 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 157 aa  54.3  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  33.63 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 161 aa  53.9  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2019  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0237275 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2769  regulatory protein, MarR  30.65 
 
 		 174 aa  53.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 168 aa  53.5  0.0000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3000  MarR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3320  hypothetical protein  26.56 
 
 		 151 aa  53.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0293206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4687  hypothetical protein  28.46 
 
 		 161 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000161275  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  29.23 
 
 		 154 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  24.22 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2561  MarR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 150 aa  53.1  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01154  transcriptional regulator MarR family  31.58 
 
 		 146 aa  52.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.819197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5144  MarR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 156 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  30.84 
 
 		 161 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>