More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1607 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 
142 aa  285  1e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  98.59 
 
 
142 aa  283  7e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  72.06 
 
 
137 aa  202  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  56.3 
 
 
149 aa  158  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  52.24 
 
 
140 aa  144  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  49.29 
 
 
161 aa  138  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  49.26 
 
 
159 aa  131  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
138 aa  102  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  34.85 
 
 
141 aa  96.7  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1454  MarR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
166 aa  94  7e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0425619  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3404  transcriptional regulator, MarR family  41.59 
 
 
120 aa  87.4  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2838  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 
140 aa  85.9  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
148 aa  84.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  32.56 
 
 
142 aa  84.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1985  MarR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
154 aa  81.6  0.000000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0411716  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3042  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
174 aa  81.3  0.000000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125227  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1620  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
140 aa  80.5  0.000000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664296  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2129  MarR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
148 aa  80.1  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0697643  normal  0.94503 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2432  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
174 aa  79.7  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3320  hypothetical protein  35.56 
 
 
151 aa  79.7  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0293206  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3051  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 
137 aa  79  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.193524  hitchhiker  0.00149188 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  35.66 
 
 
155 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
157 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3487  MarR family transcriptional regulator  36.72 
 
 
190 aa  78.2  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.213963 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
153 aa  78.2  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
174 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  37.38 
 
 
139 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43770  putative transcriptional regulator  33.57 
 
 
140 aa  77.4  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2750  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
139 aa  77.4  0.00000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.395044  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2828  regulatory protein MarR  29.63 
 
 
139 aa  77.4  0.00000000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1287  MarR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
168 aa  77  0.00000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
154 aa  77  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  30.53 
 
 
140 aa  77  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5827  MarR family transcriptional regulator  37.01 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000586451 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1975  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
155 aa  76.6  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0153804  normal  0.896313 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1448  transcriptional regulator, MarR family  30.47 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.165175  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2133  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
137 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0149  transcription regulator protein  41.59 
 
 
157 aa  75.1  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
147 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6943  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
148 aa  75.1  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
136 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1249  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
155 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.193511  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3581  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.703984 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1409  MarR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
184 aa  73.9  0.0000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
139 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3704  MarR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
178 aa  73.9  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0457412  normal  0.0618466 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2137  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
158 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0755454 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  37.38 
 
 
138 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  37.74 
 
 
156 aa  73.2  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3946  MarR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
139 aa  72.4  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  27.48 
 
 
141 aa  72  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7499  MarR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1891  MarR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
158 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.784898  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2929  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0675184  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3922  MarR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462082  normal  0.0695872 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
172 aa  72  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1342  transcriptional regulator, MarR family  42.06 
 
 
156 aa  72  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4219  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
180 aa  72  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.260034 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  34.27 
 
 
150 aa  71.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6384  MarR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
143 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3774  regulatory protein, MarR  32.26 
 
 
177 aa  71.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0223  transcriptional regulator, MarR family  35.58 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.504687  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  26.87 
 
 
139 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6047  transcriptional regulator, MarR family  35.51 
 
 
160 aa  71.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332223  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  27.34 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  27.34 
 
 
139 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3661  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 
172 aa  70.5  0.000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.185456  normal  0.0917972 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
138 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
157 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0660  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
175 aa  69.7  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.327844  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68110  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000624146  normal  0.0136344 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3143  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
161 aa  70.1  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6941  transcriptional regulator, MarR family  36.43 
 
 
151 aa  69.3  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.853349  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1954  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
154 aa  68.9  0.00000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5895  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
156 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2508  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.132261  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0942  MarR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.388439 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1546  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
161 aa  68.6  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.22368  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1714  transcriptional regulator, MarR family  33.08 
 
 
157 aa  68.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901457 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0049  MarR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
162 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1659  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
153 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
156 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5701  MarR family transcriptional regulator  31.5 
 
 
184 aa  67.4  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0574544  normal  0.0180901 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0503  transcriptional regulator, MarR family  32.06 
 
 
171 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.554707 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3671  putative transcriptional regulator  33.07 
 
 
140 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.249648  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  35.51 
 
 
162 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>