More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1874 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 139 aa  285  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  86.96 
 
 		 147 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  81.16 
 
 		 143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  81.16 
 
 		 143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  81.16 
 
 		 143 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  80.74 
 
 		 138 aa  225  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  79.71 
 
 		 138 aa  225  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  79.71 
 
 		 138 aa  225  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  79.71 
 
 		 138 aa  225  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  79.71 
 
 		 138 aa  225  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  79.56 
 
 		 154 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  78.99 
 
 		 157 aa  223  5.0000000000000005e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  78.52 
 
 		 138 aa  217  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2546  MarR family transcriptional regulator  78.83 
 
 		 137 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  71.94 
 
 		 139 aa  206  7e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  72.79 
 
 		 138 aa  202  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  33.85 
 
 		 142 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 148 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3737  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 159 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 149 aa  76.6  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  32.06 
 
 		 142 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  32.06 
 
 		 142 aa  73.9  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4622  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 174 aa  73.9  0.0000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  31.06 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 193 aa  70.1  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  32.56 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 150 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  27.61 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 139 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 159 aa  67  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 136 aa  67  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 153 aa  66.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  26.87 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  26.87 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 139 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  29.63 
 
 		 153 aa  65.5  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  33.64 
 
 		 139 aa  65.1  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  29.77 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3382  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  34.62 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  32.73 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1975  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 155 aa  62.8  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0153804  normal  0.896313 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  30.3 
 
 		 141 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1286  transcriptional regulator, MarR family  34.85 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.204943 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2923  MarR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 171 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  25.78 
 
 		 153 aa  60.5  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4102  transcriptional regulator, MarR family  30.69 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 159 aa  60.5  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1513  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 195 aa  60.1  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139337  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4422  transcriptional regulator, MarR family  30.69 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4961  transcriptional regulator, MarR family  28.36 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0717313  normal  0.154952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  32.11 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1448  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 144 aa  58.9  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.165175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2782  transcriptional regulator, MarR family  28.36 
 
 		 192 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00307717  normal  0.0921189 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  43.08 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  29.1 
 
 		 178 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2769  regulatory protein, MarR  32.26 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  30.51 
 
 		 148 aa  57.8  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1719  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 191 aa  57.8  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 165 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  57  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 141 aa  57  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  30.71 
 
 		 149 aa  57  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  28.79 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1458  regulatory protein  27.35 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.714461 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  31.19 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0660  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.327844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  37.08 
 
 		 172 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  30.17 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3320  hypothetical protein  29.46 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0293206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4809  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 198 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1328  transcriptional regulator, MarR family  41.79 
 
 		 149 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8819  transcriptional regulator, MarR family  32.61 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0213904  normal  0.276407 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1245  transcriptional regulator, MarR family  27.03 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.868936  normal  0.145982 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4966  transcriptional regulator, MarR family  38.16 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>