264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2782 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2782  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 192 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00307717  normal  0.0921189 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4961  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 192 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0717313  normal  0.154952 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4809  MarR family transcriptional regulator  85.57 
 
 		 198 aa  328  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 181 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4622  MarR family transcriptional regulator  55.09 
 
 		 174 aa  199  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2923  MarR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 176 aa  191  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4788  MarR family transcriptional regulator  78.64 
 
 		 124 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.421103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  30.58 
 
 		 141 aa  73.9  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 148 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  29.41 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  30.23 
 
 		 149 aa  68.2  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  26.47 
 
 		 140 aa  67  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  28.15 
 
 		 146 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0023  transcriptional regulator, TrmB  30.36 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 145 aa  63.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  33.94 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  29.06 
 
 		 139 aa  62.8  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  28.21 
 
 		 138 aa  60.5  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  31.06 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 138 aa  60.8  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5540  transcriptional regulator, MarR family  27.14 
 
 		 148 aa  60.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.971707 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 138 aa  61.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4422  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 		 138 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3893  transcriptional regulator, MarR family  25.55 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.12829  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 147 aa  59.7  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4102  transcriptional regulator, MarR family  26.32 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 143 aa  58.9  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0861  transcriptional regulator, MarR family  28.22 
 
 		 161 aa  58.2  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.440211 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 141 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0925  regulatory protein MarR  29.17 
 
 		 195 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.101489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0886  transcriptional regulator, MarR family  29.03 
 
 		 161 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541526  normal  0.759862 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  34.26 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 143 aa  56.2  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  25.35 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2546  MarR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 137 aa  55.5  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3774  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  30.95 
 
 		 162 aa  55.5  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  29.08 
 
 		 155 aa  55.1  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  26.5 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 138 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0661  transcriptional regulator, MarR family  30.21 
 
 		 159 aa  54.7  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  28.89 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 154 aa  53.9  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  25.64 
 
 		 139 aa  53.9  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 159 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 137 aa  53.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  25.52 
 
 		 155 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 149 aa  53.9  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  27.55 
 
 		 139 aa  53.1  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1975  MarR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 155 aa  52.8  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0153804  normal  0.896313 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2690  transcriptional regulator, MarR family  36.67 
 
 		 175 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 		 142 aa  52.4  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  28.85 
 
 		 142 aa  52.4  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 159 aa  52  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0676  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 172 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  22.83 
 
 		 139 aa  51.6  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  22.41 
 
 		 144 aa  51.2  0.000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  26.53 
 
 		 151 aa  51.2  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0083  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645413  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 139 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  34.29 
 
 		 172 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4966  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 153 aa  50.8  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.345847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2151  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 153 aa  51.2  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1287  MarR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 168 aa  50.8  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  30.21 
 
 		 168 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 167 aa  50.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  28.68 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  22.83 
 
 		 139 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 161 aa  49.7  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 141 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 154 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  22.83 
 
 		 139 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3793  transcriptional regulator MarR family  27.07 
 
 		 180 aa  49.3  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0743996  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 155 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 165 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  25.49 
 
 		 154 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1685  MarR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.402727  normal  0.628244 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27530  MarR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 163 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 148 aa  49.3  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 191 aa  48.9  0.00004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6384  MarR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 143 aa  48.9  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 177 aa  49.3  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 149 aa  48.9  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  26.85 
 
 		 150 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>