More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1041 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 165 aa  337  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  95.15 
 
 		 165 aa  320  5e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  81.63 
 
 		 147 aa  244  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6436  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 		 153 aa  97.1  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.408457 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 156 aa  78.6  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4041  MarR family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 150 aa  77  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  32.37 
 
 		 161 aa  77  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 152 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  30.28 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1940  regulatory protein MarR  35.59 
 
 		 165 aa  69.7  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 161 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 138 aa  67.8  0.00000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2127  MarR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  28.47 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 193 aa  61.2  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 164 aa  60.5  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  30.08 
 
 		 147 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0705  MarR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 156 aa  60.5  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0683  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 146 aa  60.5  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  28.07 
 
 		 153 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2838  transcriptional regulator, MarR family  25.56 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0649  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 152 aa  59.3  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 		 150 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  26.87 
 
 		 143 aa  57.8  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  28.24 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  28.24 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 		 150 aa  57.4  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4558  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  25.93 
 
 		 145 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1859  transcriptional regulator, MarR family  25.71 
 
 		 151 aa  57  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  25.93 
 
 		 145 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  25.93 
 
 		 145 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  25.93 
 
 		 145 aa  57  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  28.78 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4622  MarR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  31.96 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  24.24 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 171 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0164  transcriptional regulator, MarR family  29.46 
 
 		 152 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.906784 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4585  transcriptional regulator, MarR family  28.83 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  25.93 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  25.93 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 137 aa  55.1  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01430  transcriptional regulator  30.84 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0741  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  28.35 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2359  transcriptional regulator, MarR family  24.83 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  29.41 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  29.41 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  29.41 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  29.41 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4312  MarR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 150 aa  53.9  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 181 aa  53.9  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2247  MarR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.078909 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 179 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0359  MarR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 136 aa  53.9  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.739639  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 143 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20780  transcriptional regulator, MarR family  27.82 
 
 		 152 aa  53.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  27.34 
 
 		 142 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1724  transcriptional regulator, MarR family  37.23 
 
 		 159 aa  53.9  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.118404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  25.19 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 178 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 159 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  27.42 
 
 		 164 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  29 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  29 
 
 		 139 aa  53.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 155 aa  53.9  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 174 aa  53.9  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  23.85 
 
 		 141 aa  53.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.85 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 148 aa  53.1  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  34.95 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.85 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 158 aa  52.8  0.000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  32.67 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 161 aa  52.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 154 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0651  MarR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 150 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.170868  normal  0.369973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  28.7 
 
 		 154 aa  53.1  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>