More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1552 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 138 aa  283  4e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  84.06 
 
 		 138 aa  238  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  84.06 
 
 		 138 aa  238  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  84.06 
 
 		 138 aa  238  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  84.06 
 
 		 138 aa  238  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 157 aa  234  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 143 aa  233  8e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 143 aa  233  8e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  83.33 
 
 		 143 aa  233  9e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  82.48 
 
 		 154 aa  226  9e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  80.74 
 
 		 139 aa  225  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  80 
 
 		 147 aa  223  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  78.52 
 
 		 138 aa  218  3e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  75.36 
 
 		 139 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  72.59 
 
 		 138 aa  202  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2546  MarR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 137 aa  200  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  33.08 
 
 		 142 aa  97.1  7e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 148 aa  82.8  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 150 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  29.77 
 
 		 142 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 136 aa  70.5  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  29.69 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  29.77 
 
 		 142 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3382  MarR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 147 aa  68.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  32.31 
 
 		 143 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4622  MarR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 174 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3737  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1907  MarR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 193 aa  68.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 		 140 aa  67.4  0.00000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2923  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 176 aa  65.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.560402 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  31.4 
 
 		 149 aa  65.5  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  33.33 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  33.33 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1975  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0153804  normal  0.896313 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  26.36 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 168 aa  62.8  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4422  transcriptional regulator, MarR family  29.75 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  32.28 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4102  transcriptional regulator, MarR family  29.75 
 
 		 138 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 177 aa  62  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4961  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0717313  normal  0.154952 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2782  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 		 192 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00307717  normal  0.0921189 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2452  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.126734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 		 163 aa  60.1  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 142 aa  60.1  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  24.63 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 149 aa  58.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8819  transcriptional regulator, MarR family  28.35 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0213904  normal  0.276407 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6203  regulatory protein, MarR  28.68 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187647  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1719  MarR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 145 aa  58.9  0.00000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  34.96 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  23.88 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 149 aa  58.2  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  23.88 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  27.35 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  26.67 
 
 		 153 aa  58.2  0.00000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1448  transcriptional regulator, MarR family  29.81 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.165175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2174  regulatory protein MarR  30.16 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.363681 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 161 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 159 aa  57.8  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  31.45 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  27.13 
 
 		 155 aa  57.4  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  28.36 
 
 		 178 aa  57  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  39.02 
 
 		 145 aa  57  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2214  MarR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 157 aa  57  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.693341 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  39.02 
 
 		 145 aa  57  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 148 aa  57  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4809  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 198 aa  57  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.752918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  28.03 
 
 		 156 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  29.37 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  30.7 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6338  transcriptional regulator, MarR family  27.84 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160711 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 144 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0886  transcriptional regulator, MarR family  32.18 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.541526  normal  0.759862 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1286  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.204943 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0660  MarR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.327844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0111  transcriptional regulator, MarR family  27.01 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  30.15 
 
 		 146 aa  55.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  25.76 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0925  regulatory protein MarR  32.18 
 
 		 195 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.101489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  31.62 
 
 		 146 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  34.04 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.317078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>