More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1511 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 159 aa  313  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  73.79 
 
 		 153 aa  209  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  40.71 
 
 		 161 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1889  MarR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 141 aa  94.7  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  37.41 
 
 		 154 aa  93.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  36.69 
 
 		 154 aa  91.3  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 174 aa  89.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 160 aa  87.4  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 150 aa  82.8  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 145 aa  77.8  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  35.71 
 
 		 146 aa  76.3  0.0000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0409  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 162 aa  73.9  0.0000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.616987  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 142 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2226  MarR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 144 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971671 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  33.12 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 142 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  34.15 
 
 		 149 aa  71.2  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3395  MarR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 152 aa  70.9  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4464  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0096  MarR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 141 aa  70.1  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 177 aa  68.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2677  MarR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  31.06 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1111  MarR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 158 aa  68.9  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 157 aa  68.6  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 144 aa  68.2  0.00000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 146 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1032  transcriptional regulator, MarR family  35.97 
 
 		 158 aa  67.8  0.00000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  31.06 
 
 		 145 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2214  transcriptional regulator SlyA  36.04 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.559997  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2258  MarR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148664  normal  0.143759 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 139 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  30.65 
 
 		 144 aa  67  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  33.33 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  41.03 
 
 		 142 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0200  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.834737 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  31.71 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  33.64 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  33.64 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  29.77 
 
 		 145 aa  64.3  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  33.64 
 
 		 143 aa  64.3  0.0000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  32.43 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  32.43 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 		 145 aa  63.9  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0175  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 150 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  32.43 
 
 		 146 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  32.43 
 
 		 146 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 143 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  32.43 
 
 		 146 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  34.17 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0196  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149236  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1782  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 159 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  29.08 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 147 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  29.08 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  31.76 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 169 aa  62  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2109  MarR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 314 aa  61.6  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.67396  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3435  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  30.95 
 
 		 148 aa  61.6  0.000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  34.29 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  39.08 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5812  MarR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6176  MarR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.714929  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3617  transcriptional regulator, MarR family  33.59 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3610  MarR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03534  transcriptional regulator for cryptic hemolysin  40.4 
 
 		 210 aa  60.8  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  30.37 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4052  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 157 aa  60.5  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0620  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 168 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>