More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4021 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 145 aa  291  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  97.24 
 
 		 145 aa  285  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  96.55 
 
 		 145 aa  283  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 145 aa  277  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  88.28 
 
 		 144 aa  254  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  79.31 
 
 		 144 aa  226  8e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  77.93 
 
 		 144 aa  223  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  74.83 
 
 		 148 aa  211  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  73.38 
 
 		 143 aa  205  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  68.35 
 
 		 144 aa  185  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  67.36 
 
 		 144 aa  183  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 156 aa  133  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  45.38 
 
 		 149 aa  111  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  42.31 
 
 		 146 aa  107  5e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  39.1 
 
 		 144 aa  104  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  39.1 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  39.1 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  39.1 
 
 		 146 aa  103  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  39.1 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  39.1 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  39.1 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  39.1 
 
 		 144 aa  103  8e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  40.29 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  40.29 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  37.59 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  37.59 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  37.59 
 
 		 146 aa  102  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  37.59 
 
 		 146 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  37.59 
 
 		 146 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  37.04 
 
 		 146 aa  100  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  38.35 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  37.5 
 
 		 145 aa  98.2  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2214  transcriptional regulator SlyA  36.09 
 
 		 144 aa  97.4  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.559997  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  35.29 
 
 		 144 aa  97.1  7e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  36.09 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  36.09 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  36.09 
 
 		 143 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  36.3 
 
 		 145 aa  94.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  44.26 
 
 		 155 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  38.51 
 
 		 151 aa  94.4  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  38.24 
 
 		 176 aa  92.8  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  38.24 
 
 		 145 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  38.24 
 
 		 145 aa  92  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  42.22 
 
 		 149 aa  92  3e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1111  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 158 aa  87  8e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1032  transcriptional regulator, MarR family  38.24 
 
 		 158 aa  86.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 153 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  37.69 
 
 		 154 aa  83.6  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  32.85 
 
 		 151 aa  83.6  8e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 157 aa  83.6  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 169 aa  82  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  36.22 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  33.08 
 
 		 151 aa  80.9  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.317078 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2407  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 167 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445055  normal  0.878491 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 177 aa  80.1  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0709  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 146 aa  79  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.699549  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0241  transcriptional regulator, MarR family  37.19 
 
 		 165 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932018  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 150 aa  78.2  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5812  MarR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6176  MarR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.714929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3435  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 158 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6656  MarR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  34.59 
 
 		 163 aa  77.8  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3610  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0516  MarR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 158 aa  76.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.716514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6147  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 159 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.676081  normal  0.847722 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7721  MarR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0661  transcriptional regulator, MarR family  35.88 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5772  MarR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.94508 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6016  MarR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1859  transcriptional regulator, MarR family  37.4 
 
 		 157 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.89352  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6622  transcriptional regulator, MarR family  37.9 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0761  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0154826  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000535  putative transcription regulator  35.9 
 
 		 151 aa  74.3  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4052  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 157 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3482  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 171 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 174 aa  73.6  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3772  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0540  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0569  transcriptional regulator, MarR family  34.88 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0564  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 157 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3000  MarR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1859  transcriptional regulator, MarR family  36.94 
 
 		 151 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 145 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2359  transcriptional regulator, MarR family  37.62 
 
 		 153 aa  72  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4863  MarR family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 157 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238839  normal  0.273246 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3581  MarR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 160 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2611  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 202 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 160 aa  70.5  0.000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0620  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 168 aa  70.1  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1921  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0359  MarR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000080599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1494  MarR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 141 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00612694  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3512  MarR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 156 aa  69.7  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.332426  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>