More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3626 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 160 aa  328  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3252  transcriptional regulator, MarR family protein  41.18 
 
 		 161 aa  107  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3435  MarR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 158 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3610  MarR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 158 aa  105  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0620  MarR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0516  MarR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 158 aa  105  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.716514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0564  MarR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0540  MarR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3772  MarR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0569  transcriptional regulator, MarR family  39.47 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4052  MarR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 157 aa  101  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1722  transcriptional regulator SlyA  34.56 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00118206  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  35.17 
 
 		 146 aa  100  8e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1689  transcriptional regulator SlyA  34.56 
 
 		 145 aa  100  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1921  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 155 aa  99  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  35.34 
 
 		 149 aa  99.4  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  34.53 
 
 		 144 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  34.78 
 
 		 146 aa  96.7  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  33.8 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  33.8 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  33.8 
 
 		 146 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  33.8 
 
 		 146 aa  95.1  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  33.8 
 
 		 146 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  33.82 
 
 		 145 aa  94.4  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  33.81 
 
 		 144 aa  94.4  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  33.09 
 
 		 145 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2214  transcriptional regulator SlyA  33.09 
 
 		 144 aa  93.2  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.559997  hitchhiker  0.000464724 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 141 aa  93.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1782  MarR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 159 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  31.65 
 
 		 144 aa  87.4  8e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000535  putative transcription regulator  35.25 
 
 		 151 aa  85.9  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02788  putative transcriptional regulator (MarR family) protein  42.45 
 
 		 109 aa  85.5  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  30.71 
 
 		 143 aa  84.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  30.71 
 
 		 143 aa  84.7  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  33.77 
 
 		 159 aa  84.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  30.71 
 
 		 143 aa  84.7  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0661  transcriptional regulator, MarR family  30.5 
 
 		 159 aa  84  9e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 148 aa  80.1  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2359  transcriptional regulator, MarR family  32.12 
 
 		 153 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  31.06 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1859  transcriptional regulator, MarR family  30.66 
 
 		 151 aa  78.2  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 156 aa  77.4  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 		 144 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  29.66 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  29.17 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0170  MarR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  29.69 
 
 		 151 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  27.66 
 
 		 151 aa  75.1  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 142 aa  74.7  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1032  transcriptional regulator, MarR family  29.25 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4933  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 157 aa  72  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1111  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 158 aa  72  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 		 163 aa  70.9  0.000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 145 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 145 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  28.46 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.317078 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0359  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000080599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1889  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 182 aa  69.7  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 169 aa  69.3  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 145 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2845  MarR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3512  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.332426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 144 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2319  MarR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 155 aa  67.8  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.204664 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  30.3 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3221  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 153 aa  67.4  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  29.63 
 
 		 155 aa  67.4  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1859  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 157 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.89352  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 191 aa  66.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0761  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0154826  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  24.24 
 
 		 146 aa  67  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 153 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0709  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.699549  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 150 aa  66.2  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5052  MarR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 150 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2635  transcriptional regulator, MarR family  24.31 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7721  MarR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 159 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  29.08 
 
 		 148 aa  65.1  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3704  MarR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 145 aa  64.7  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5772  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.94508 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6016  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3581  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 160 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0096  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0175  MarR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0200  MarR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.834737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0196  MarR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 150 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6656  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 159 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6176  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 159 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.714929  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>