More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0196 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0196  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 150 aa  288  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.149236  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0175  MarR family transcriptional regulator  99.33 
 
 		 150 aa  285  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0200  MarR family transcriptional regulator  96 
 
 		 150 aa  278  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.834737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5052  MarR family transcriptional regulator  91.33 
 
 		 150 aa  266  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0170  MarR family transcriptional regulator  74.63 
 
 		 142 aa  200  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3617  transcriptional regulator, MarR family  69.33 
 
 		 150 aa  200  7e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.821242  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3377  regulatory protein, MarR  68 
 
 		 150 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0974589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6147  MarR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 159 aa  157  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.676081  normal  0.847722 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6622  transcriptional regulator, MarR family  59.71 
 
 		 158 aa  157  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3581  MarR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 160 aa  155  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2611  MarR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 202 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6656  MarR family transcriptional regulator  60 
 
 		 159 aa  153  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5772  MarR family transcriptional regulator  60 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.94508 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7721  MarR family transcriptional regulator  59.29 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5812  MarR family transcriptional regulator  60 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.697265  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6016  MarR family transcriptional regulator  60 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6176  MarR family transcriptional regulator  60 
 
 		 159 aa  152  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.714929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5463  MarR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 173 aa  144  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0475431 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1859  transcriptional regulator, MarR family  57.94 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.89352  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  54.14 
 
 		 154 aa  131  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0241  transcriptional regulator, MarR family  51.09 
 
 		 165 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932018  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4933  MarR family transcriptional regulator  56.3 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2407  MarR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 167 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445055  normal  0.878491 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4007  transcriptional regulator, MarR family  51.15 
 
 		 151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.063729 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4794  putative MarR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 152 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.717119  normal  0.755619 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4863  MarR family transcriptional regulator  55.73 
 
 		 157 aa  114  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.238839  normal  0.273246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  49.62 
 
 		 157 aa  111  4.0000000000000004e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03534  transcriptional regulator for cryptic hemolysin  47.86 
 
 		 210 aa  103  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0761  MarR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0154826  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0709  MarR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 146 aa  95.5  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.699549  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  47.01 
 
 		 159 aa  94  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1859  transcriptional regulator, MarR family  44.55 
 
 		 151 aa  91.7  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3000  MarR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 145 aa  92  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2359  transcriptional regulator, MarR family  43.64 
 
 		 153 aa  88.2  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0359  MarR family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 154 aa  85.1  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000080599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1111  MarR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1032  transcriptional regulator, MarR family  41.27 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 143 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 153 aa  79.7  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 159 aa  78.6  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 141 aa  78.6  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2319  MarR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.204664 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1921  MarR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 155 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  36.84 
 
 		 151 aa  75.5  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.317078 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 144 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3360  transcriptional regulator, MarR family  34.45 
 
 		 151 aa  75.1  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4167  MarR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 154 aa  72.4  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 145 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 145 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  34.03 
 
 		 155 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 145 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 		 144 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  33.6 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  34.19 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  34.19 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  34.19 
 
 		 143 aa  68.6  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3252  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  33.59 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 		 146 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3252  transcriptional regulator, MarR family protein  34.19 
 
 		 161 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  33.59 
 
 		 144 aa  67.4  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 150 aa  67  0.00000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  38.46 
 
 		 144 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  32.81 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  32.81 
 
 		 146 aa  66.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  36.09 
 
 		 145 aa  66.2  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4052  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 157 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  38.64 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  40.35 
 
 		 144 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  35.59 
 
 		 146 aa  65.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 144 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  36.09 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 156 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 154 aa  65.1  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2658  MarR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 169 aa  65.1  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.563591  normal  0.690586 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3435  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0516  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.716514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 		 146 aa  65.1  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3512  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 156 aa  65.5  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.332426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  37.61 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  32.03 
 
 		 146 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0564  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0569  transcriptional regulator, MarR family  34.19 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0540  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3772  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 157 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  32.03 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  32.03 
 
 		 146 aa  64.3  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0620  MarR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 159 aa  63.5  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  34.75 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3610  MarR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  34.19 
 
 		 144 aa  63.5  0.0000000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  32.81 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3626  MarR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00335375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>