More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4054 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
174 aa  347  5e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  42.42 
 
 
154 aa  117  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  42.42 
 
 
154 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1889  MarR family transcriptional regulator  51.04 
 
 
182 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
159 aa  98.2  6e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
160 aa  97.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
169 aa  96.3  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  39.69 
 
 
162 aa  95.1  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  38.81 
 
 
160 aa  94.4  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  38.17 
 
 
161 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
155 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
159 aa  89.7  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  40.65 
 
 
148 aa  89.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
155 aa  88.6  4e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2258  MarR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
155 aa  85.9  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148664  normal  0.143759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
153 aa  84.3  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0659  MarR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
159 aa  82.4  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
146 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
146 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
146 aa  82  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0096  MarR family transcriptional regulator  40.59 
 
 
141 aa  81.3  0.000000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 
150 aa  81.3  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
146 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  39.23 
 
 
147 aa  79  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4464  MarR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
146 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499169  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  39.23 
 
 
147 aa  79  0.00000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 
142 aa  78.6  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3300  transcriptional regulator, MarR family  35.46 
 
 
147 aa  78.2  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 
142 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
142 aa  78.2  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2226  MarR family transcriptional regulator  34.06 
 
 
144 aa  77.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.971671 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
142 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
141 aa  76.3  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1814  MarR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
143 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.571932 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  39.29 
 
 
144 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3246  MarR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
147 aa  74.7  0.0000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  33.6 
 
 
142 aa  74.7  0.0000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
137 aa  74.7  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1396  MarR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
145 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
159 aa  74.3  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3794  transcriptional regulator  42.22 
 
 
149 aa  74.3  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4021  MarR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
145 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  40 
 
 
144 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4515  MarR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
145 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.934068  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  30.6 
 
 
140 aa  73.2  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  39.34 
 
 
144 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
149 aa  72.4  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1107  MarR family transcriptional regulator  35.85 
 
 
145 aa  72  0.000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3061  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
159 aa  72  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1796  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.630858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
144 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
148 aa  71.2  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3804  MarR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
145 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.279751  hitchhiker  0.00000113316 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5714  MarR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
153 aa  70.5  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00966957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32790  Transcriptional regulator MarR family protein  37.93 
 
 
148 aa  70.1  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4527  MarR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
152 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
156 aa  69.7  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  37.07 
 
 
151 aa  67  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.317078 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1729  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
177 aa  67.4  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.892869  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  38.84 
 
 
142 aa  67.4  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  25.17 
 
 
146 aa  67.4  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  30.28 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0640  transcriptional regulator, MarR family  31.19 
 
 
145 aa  65.9  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0410706  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
156 aa  65.5  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
153 aa  65.5  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5772  MarR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
146 aa  65.1  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
161 aa  65.1  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  30.97 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  33.33 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4708  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 
144 aa  64.3  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.155133  decreased coverage  0.00302291 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3631  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 
144 aa  64.3  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0135  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
157 aa  64.3  0.0000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0405255  normal  0.71696 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  36.79 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3774  regulatory protein, MarR  32.54 
 
 
177 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1448  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 
144 aa  63.9  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.165175  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  36.63 
 
 
149 aa  63.5  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1297  transcriptional regulator  32.46 
 
 
174 aa  63.5  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00292407  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  30.43 
 
 
146 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
147 aa  63.2  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
154 aa  62.8  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1767  transcriptional regulator SlyA  29.46 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000697661  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2197  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0027451  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  30.43 
 
 
146 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  26.62 
 
 
149 aa  63.2  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1876  transcriptional regulator SlyA  29.46 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000116497  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0223  transcriptional regulator, MarR family  34.21 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.504687  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  30.43 
 
 
146 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2560  transcriptional regulator SlyA  29.46 
 
 
143 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673945  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  33.61 
 
 
155 aa  63.2  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>