More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1625 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
156 aa  317  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0659  MarR family transcriptional regulator  68.53 
 
 
159 aa  202  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3300  transcriptional regulator, MarR family  68.53 
 
 
147 aa  201  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3246  MarR family transcriptional regulator  68.09 
 
 
147 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0436  MarR family transcriptional regulator  58.59 
 
 
103 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0742867  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  46.81 
 
 
146 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  46.81 
 
 
146 aa  122  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  46.81 
 
 
146 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4464  MarR family transcriptional regulator  47.52 
 
 
146 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499169  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  46.81 
 
 
146 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  42.14 
 
 
160 aa  103  9e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
155 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
155 aa  101  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2258  MarR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
155 aa  99.4  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.148664  normal  0.143759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3105  transcriptional regulator, MarR family  39.85 
 
 
154 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0272572 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3363  transcriptional regulator, MarR family  39.85 
 
 
154 aa  95.5  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.7144  hitchhiker  0.007363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
169 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  42.45 
 
 
165 aa  85.1  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2226  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
144 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.971671 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
142 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
142 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3794  transcriptional regulator  39.85 
 
 
149 aa  72  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3221  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
153 aa  71.2  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  31.21 
 
 
174 aa  69.7  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0096  MarR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
157 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
143 aa  69.3  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
160 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1344  MarR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
165 aa  63.5  0.0000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1989  MarR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
164 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.7942 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1546  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
161 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.22368  normal  0.197095 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1928  transcriptional regulator, MarR family  28.68 
 
 
138 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.428879 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3099  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
144 aa  60.5  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.634884  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2996  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
144 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000177119  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3304  transcriptional regulator, MarR family  28.68 
 
 
138 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3085  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
144 aa  60.5  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.729277  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  33.59 
 
 
148 aa  60.5  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3344  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
138 aa  60.5  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3314  transcriptional regulator, MarR family  28.68 
 
 
138 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3151  transcriptional regulator, MarR family  29.32 
 
 
193 aa  60.5  0.000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.355975  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3321  transcriptional regulator, MarR family  28.68 
 
 
138 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  30.22 
 
 
159 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3308  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
138 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3893  transcriptional regulator, MarR family  29.29 
 
 
149 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.12829  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3487  MarR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
190 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544367  normal  0.213963 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  30.83 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  30.83 
 
 
161 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 
159 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 
149 aa  59.7  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
148 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0111  transcriptional regulator, MarR family  28.03 
 
 
147 aa  58.5  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 
176 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3061  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
159 aa  58.5  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003355  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 
150 aa  58.2  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00113981  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  30.83 
 
 
139 aa  58.2  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  29.75 
 
 
146 aa  57.8  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3041  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
135 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3042  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
174 aa  57.4  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125227  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3012  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135712  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  31.58 
 
 
159 aa  57.4  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  33.93 
 
 
140 aa  57  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1757  MarR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.888678  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  33.64 
 
 
162 aa  56.6  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 
162 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 
162 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1502  MarR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
157 aa  56.6  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  31.73 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3274  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
150 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.154941  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3030  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.286737  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  31.73 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2951  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316787  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  31.73 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3263  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  31.73 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1999  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3991  transcriptional regulator, MarR family  32.69 
 
 
135 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
162 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11433  transcriptional regulator  38.81 
 
 
175 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00100746  normal  0.249938 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2865  MarR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3281  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3251  transcriptional regulator, MarR family  25.93 
 
 
150 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  31.73 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
141 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1889  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
182 aa  55.1  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0669  MarR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
187 aa  55.1  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.263204  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  32.69 
 
 
146 aa  55.1  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1494  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00612694  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1283  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.16464  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4251  transcriptional regulator, MarR family  36.59 
 
 
159 aa  54.7  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.500909  normal  0.623722 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1719  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
145 aa  54.7  0.0000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4874  regulatory protein, MarR  28.36 
 
 
161 aa  54.7  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0298906  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1556  transcriptional regulator, MarR family  31.78 
 
 
189 aa  54.7  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  34.51 
 
 
157 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14420  transcriptional regulator, MarR family  32.71 
 
 
161 aa  54.3  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2105  MarR family transcriptional regulator  27.01 
 
 
139 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000763901  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  31.53 
 
 
144 aa  53.9  0.0000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0053  transcriptional regulator, MarR family  41.07 
 
 
198 aa  53.9  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1972  transcriptional regulator, MarR family  27.14 
 
 
159 aa  53.9  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.276082  normal  0.475947 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>