More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3492 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 
178 aa  363  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  62.89 
 
 
178 aa  204  4e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1513  MarR family transcriptional regulator  63.91 
 
 
195 aa  201  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139337  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3237  MarR family transcriptional regulator  69.62 
 
 
185 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0016294  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3745  MarR family transcriptional regulator  49.35 
 
 
178 aa  145  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00569269  normal  0.244623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0324  MarR family transcriptional regulator  57.66 
 
 
164 aa  142  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.191341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0259  transcriptional regulator, MarR family  50.31 
 
 
171 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.623858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  47.85 
 
 
164 aa  132  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0264  MarR family transcriptional regulator  50.96 
 
 
171 aa  132  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000861696 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1388  MarR family transcriptional regulator  47.85 
 
 
164 aa  131  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  46.63 
 
 
163 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  46.63 
 
 
163 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  45.4 
 
 
163 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  46.01 
 
 
163 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1749  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 
164 aa  124  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0321002 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  49.64 
 
 
165 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  48.2 
 
 
165 aa  120  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  45 
 
 
171 aa  112  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1125  transcriptional regulator, MarR family  39.05 
 
 
172 aa  111  5e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.416342 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
171 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
172 aa  106  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
157 aa  103  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6203  regulatory protein, MarR  37.24 
 
 
150 aa  99.4  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187647  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1295  putative transcription regulator protein  40.74 
 
 
147 aa  98.6  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260048  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3884  putative transcriptional regulator  34.19 
 
 
177 aa  95.5  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1216  transcriptional regulator, MarR family  40.15 
 
 
149 aa  95.5  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298093  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2025  MarR family transcriptional regulator  41.5 
 
 
193 aa  95.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.165588 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2019  transcriptional regulator, MarR family  36.81 
 
 
145 aa  94.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0237275 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0022  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
162 aa  94.4  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0694337  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0067  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
162 aa  94  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0048  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
162 aa  94.4  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
162 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0038  MarR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
162 aa  92.8  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3230  MarR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
163 aa  92.8  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.9526  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4687  hypothetical protein  33.79 
 
 
161 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000161275  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4487  MarR family transcriptional regulator  38.19 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000975501  hitchhiker  0.000429514 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1601  MarR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
145 aa  92  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  38.19 
 
 
162 aa  90.5  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  38.19 
 
 
162 aa  90.5  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3950  transcriptional regulator, MarR family  38.19 
 
 
180 aa  90.5  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2022  MarR family transcriptional regulator  38.99 
 
 
158 aa  89.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0049  MarR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
162 aa  89.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  35.62 
 
 
159 aa  86.7  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2676  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0699601  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0234  MarR family protein  38.62 
 
 
177 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1876  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0022  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278494  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0022  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3504  MarR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6917  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
165 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163351  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  38.81 
 
 
162 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4024  MarR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
145 aa  81.3  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5895  putative transcriptional regulator  36.49 
 
 
156 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2771  MarR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
163 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3645  MarR family transcriptional regulator  40.17 
 
 
160 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.610446  normal  0.0262882 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4023  MarR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
145 aa  78.2  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.709779  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3749  multiple antibiotic resistance protein MarR, putative  35.17 
 
 
162 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.17828  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68110  putative transcriptional regulator  34.46 
 
 
156 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000624146  normal  0.0136344 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0021  MarR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.487256  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1470  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
151 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3854  MarR family transcriptional regulator  34.04 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113287  normal  0.119098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2077  MarR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
157 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1742  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
149 aa  67.4  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3996  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
154 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000674162  normal  0.401287 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2561  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
150 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4635  MarR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
153 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472747  normal  0.0529683 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1284  MarR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
163 aa  65.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.155543  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1860  MarR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
151 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2372  MarR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
157 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1966  transcriptional regulator, MarR family  34.69 
 
 
151 aa  65.5  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000123545  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
138 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  32.85 
 
 
162 aa  65.1  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3550  MarR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
157 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201154  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1435  MarR family transcriptional regulator  37.74 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.209441 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
143 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
143 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1197  MarR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.308102  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  36.59 
 
 
159 aa  64.7  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5817  MarR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.127726 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2224  MarR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
157 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0050  transcriptional regulator, MarR family  37.82 
 
 
164 aa  63.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479818 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  32.74 
 
 
139 aa  64.3  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1286  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 
147 aa  63.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.204943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3333  MarR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
174 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  34.75 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  34.75 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  63.2  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
148 aa  63.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4585  transcriptional regulator, MarR family  32.17 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  34.75 
 
 
150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  29.45 
 
 
146 aa  62.8  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  34.75 
 
 
150 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>