More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1379 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 
149 aa  296  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1741  MarR family transcriptional regulator  50.71 
 
 
151 aa  141  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15661  normal  0.360126 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0164  transcriptional regulator, MarR family  47.86 
 
 
152 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.906784 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0158  transcriptional regulator, MarR family  47.83 
 
 
152 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0107221 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2214  MarR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
157 aa  91.3  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.693341 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1441  MarR family transcriptional regulator  42.97 
 
 
147 aa  90.9  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.256486  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  34.31 
 
 
149 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2587  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
142 aa  79.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.443857  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
145 aa  78.6  0.00000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
146 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
146 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
146 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3321  transcriptional regulator, MarR family  29.71 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3314  transcriptional regulator, MarR family  29.71 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3099  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.634884  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3085  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.729277  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2996  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000177119  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3344  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3304  transcriptional regulator, MarR family  29.71 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1150  Transcriptional regulators-like protein  38.05 
 
 
168 aa  75.5  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1928  transcriptional regulator, MarR family  29.71 
 
 
138 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.428879 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3308  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
138 aa  75.5  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  27.2 
 
 
150 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4102  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
138 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
146 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3012  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
139 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135712  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3382  MarR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
147 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4422  transcriptional regulator, MarR family  32.59 
 
 
138 aa  73.6  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3567  transcriptional regulator, MarR family  39.77 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  32.37 
 
 
162 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  32.37 
 
 
162 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1283  MarR family transcriptional regulator  25.76 
 
 
141 aa  70.5  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.16464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  35.34 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2105  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
139 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000763901  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  32.59 
 
 
142 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1494  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 
141 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00612694  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4464  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
146 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0499169  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
137 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  35.34 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1895  MarR family transcriptional regulator  33.06 
 
 
150 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.409274  decreased coverage  0.00000000000000377127 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  31.65 
 
 
159 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0604  transcriptional regulator, MarR family  27.94 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.21182  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0113  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
141 aa  67.4  0.00000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.51786  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
171 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
149 aa  65.5  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3246  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
147 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
144 aa  65.5  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  29.55 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
146 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  29.55 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  33.85 
 
 
148 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5066  transcriptional regulator, MarR family  32.67 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.850935  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2856  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
201 aa  64.7  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.843332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4315  hypothetical protein  41.67 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.285013  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
155 aa  64.7  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2232  transcriptional regulator, MarR family  30.15 
 
 
151 aa  64.7  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00982992  hitchhiker  0.00000264817 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 
165 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  24.81 
 
 
146 aa  64.3  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
144 aa  64.7  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15420  transcriptional regulator  36.8 
 
 
158 aa  64.7  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481321  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
157 aa  63.9  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
146 aa  63.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3401  transcriptional regulator, MarR family  27.21 
 
 
163 aa  63.5  0.0000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
157 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  29.55 
 
 
146 aa  63.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3320  hypothetical protein  32.03 
 
 
151 aa  63.9  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0293206  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  30.71 
 
 
155 aa  63.5  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
165 aa  62.8  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1805  transcriptional regulator SlyA  28.68 
 
 
146 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.734426  hitchhiker  0.00344529 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
155 aa  63.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4395  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
139 aa  63.2  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  33.59 
 
 
149 aa  63.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2137  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
158 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0755454 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 
142 aa  62  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  31.3 
 
 
156 aa  62.4  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 
142 aa  62.8  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3230  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
163 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.9526  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  33.07 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0630  MarR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
194 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0067  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 
162 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0022  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 
162 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0694337  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0048  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 
162 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  32.2 
 
 
155 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  34.56 
 
 
144 aa  61.6  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5412  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.945092 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>