More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1059 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 153 aa  292  9e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5361  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 183 aa  87  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 167 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1375  MarR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 163 aa  85.9  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1908  MarR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 163 aa  83.6  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4492  transcriptional regulator, MarR family  39.42 
 
 		 193 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.57372  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4560  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000343036 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0768  transcriptional regulator, MarR family  39.71 
 
 		 219 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225791  normal  0.012772 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3793  transcriptional regulator MarR family  38.03 
 
 		 180 aa  80.5  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0743996  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1458  regulatory protein  43.93 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.714461 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2845  MarR family transcriptional regulator  38.53 
 
 		 166 aa  78.6  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2781  transcriptional regulator, MarR family  32.84 
 
 		 146 aa  78.2  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0129977 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0844  regulatory protein MarR  38.24 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0324688  normal  0.429878 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0803  transcriptional regulator, MarR family  38.24 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262116  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4897  transcriptional regulator, MarR family  37.61 
 
 		 151 aa  77.8  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3680  transcriptional regulator, MarR family  38.89 
 
 		 170 aa  77.8  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3382  transcriptional regulator, MarR family  38.89 
 
 		 170 aa  77  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180661 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1873  MarR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4422  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 138 aa  74.7  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  35.43 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4102  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 138 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2101  MarR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.741541 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  31.3 
 
 		 139 aa  73.6  0.0000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  31.3 
 
 		 139 aa  73.6  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0863  transcriptional regulator, TrmB  40.35 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0029609 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  40.86 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2226  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 144 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971671 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1150  Transcriptional regulators-like protein  33.11 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0158  transcriptional regulator, MarR family  43.96 
 
 		 144 aa  70.9  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0300  transcriptional regulator MarR family  32.33 
 
 		 149 aa  70.5  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1757  MarR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 150 aa  70.5  0.000000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.888678  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0640  transcriptional regulator, MarR family  30.37 
 
 		 145 aa  70.1  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0410706  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6338  transcriptional regulator, MarR family  35.61 
 
 		 158 aa  69.7  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160711 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4634  Transcriptional regulators-like protein  36.36 
 
 		 324 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.969868 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4610  transcriptional regulator, MarR family  40.19 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.4763  normal  0.155158 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  28.15 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  30.53 
 
 		 139 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3714  MarR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3727  MarR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3787  MarR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 150 aa  67.8  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.557158  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 143 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 143 aa  67  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 143 aa  67  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4630  MarR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0613  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 150 aa  66.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.31364  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1344  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 165 aa  66.2  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 139 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 161 aa  66.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0482  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.537817  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 153 aa  64.3  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1342  transcriptional regulator, MarR family  37.84 
 
 		 156 aa  64.3  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000398816 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4622  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 149 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 155 aa  63.9  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  39 
 
 		 137 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3382  MarR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  33.33 
 
 		 159 aa  63.5  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2006  regulatory protein, MarR  27.94 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 168 aa  63.5  0.0000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20850  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 144 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1245  transcriptional regulator, MarR family  33.83 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.868936  normal  0.145982 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2307  transcriptional regulator, MarR family  38.32 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.581889 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1789  putative transcriptional regulator  36.3 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5662  MarR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4137  transcriptional regulator, MarR family  33.88 
 
 		 153 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4001  MarR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 146 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 147 aa  62  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0742  transcriptional regulator  43.08 
 
 		 292 aa  62  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3305  MarR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0122445  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1579  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 173 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.359907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0735  MarR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 150 aa  61.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711731  normal  0.77844 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2828  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  37 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0108  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  36.09 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.879191 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4961  transcriptional regulator, MarR family  31.06 
 
 		 192 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0717313  normal  0.154952 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3747  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 181 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0512718  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2782  transcriptional regulator, MarR family  31.06 
 
 		 192 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00307717  normal  0.0921189 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3178  MarR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137994  normal  0.81725 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3782  transcriptional regulator, MarR family  39.13 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  47.14 
 
 		 153 aa  60.5  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2231  MarR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.106154  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2467  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.411287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 138 aa  60.8  0.000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2137  transcriptional regulator, MarR family  35.88 
 
 		 154 aa  60.5  0.000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2762  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 142 aa  60.5  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  26.09 
 
 		 141 aa  60.5  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>