More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0758 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  100 
 
 
162 aa  334  2.9999999999999997e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
138 aa  74.7  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
157 aa  68.9  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
145 aa  65.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30420  transcriptional regulator  41.28 
 
 
159 aa  63.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147448  normal  0.274535 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2472  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161606  normal  0.735248 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  34.04 
 
 
141 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
173 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0050  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 
164 aa  61.6  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00479818 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  33.08 
 
 
140 aa  61.6  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0598  MarR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
159 aa  61.2  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
145 aa  61.2  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1756  MarR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
142 aa  61.2  0.000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763992 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1975  MarR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
155 aa  60.5  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0153804  normal  0.896313 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1059  transcriptional regulator, TrmB  36.7 
 
 
153 aa  60.5  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0495893  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  35.05 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05199  transcription regulator protein  37.37 
 
 
154 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000214035  normal  0.0753058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0369  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
155 aa  59.3  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3139  transcriptional regulator, MarR family  27.91 
 
 
183 aa  59.3  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  28.36 
 
 
142 aa  59.7  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
148 aa  59.7  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
168 aa  59.3  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2042  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 
137 aa  58.9  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0690708 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1328  transcriptional regulator, MarR family  33.03 
 
 
149 aa  58.9  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0818  transcriptional regulator, MarR family  33.64 
 
 
147 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 
143 aa  58.5  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3246  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
147 aa  58.2  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5361  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 
183 aa  58.2  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0109  MarR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
139 aa  58.2  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0546  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
172 aa  57.8  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9049  Transcriptional regulator  29.2 
 
 
153 aa  57.8  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.578092  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2677  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
153 aa  57.8  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5651  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
172 aa  57.8  0.00000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0956535  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0767  transcriptional regulator, MarR family  35.94 
 
 
150 aa  57.4  0.00000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  29.66 
 
 
157 aa  57.4  0.00000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0942  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 
164 aa  57.8  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.388439 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0628  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
172 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.382396  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0537  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
172 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.075487  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5446  MarR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
219 aa  57.4  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.668367 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
156 aa  57.4  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5843  MarR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
200 aa  57.4  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1027  MarR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
173 aa  57  0.00000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  34.74 
 
 
146 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  34.74 
 
 
146 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  30.84 
 
 
153 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2950  transcriptional regulator, MarR family  32.11 
 
 
149 aa  57  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3597  MarR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
153 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  30.93 
 
 
162 aa  56.6  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25260  transcriptional regulator  37.1 
 
 
163 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.113734  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3073  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
170 aa  56.6  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6338  transcriptional regulator, MarR family  31.2 
 
 
158 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00160711 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  35.16 
 
 
146 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1306  MarR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
149 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335381  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1437  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
138 aa  57  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1068  MarR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
147 aa  57  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
164 aa  57  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
149 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1670  transcriptional regulator, MarR family  28.97 
 
 
161 aa  56.2  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.428433  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0926  transcriptional regulator, MarR family  30.37 
 
 
158 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.493079  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
140 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1641  transcriptional regulator, MarR family  30.1 
 
 
157 aa  55.8  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176874  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
145 aa  56.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0573  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
151 aa  56.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
156 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1547  MarR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
148 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.187738 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1677  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6019  transcriptional regulator, MarR family  37.76 
 
 
149 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.107791  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1702  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00165311  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2735  transcriptional regulator, MarR family  28.43 
 
 
150 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.312377  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  32.08 
 
 
153 aa  56.2  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1651  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.902908  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  31.96 
 
 
155 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  31.96 
 
 
161 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
138 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0761  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
145 aa  55.5  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0154826  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  27.48 
 
 
156 aa  55.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 
149 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3330  transcription repressor  34.83 
 
 
151 aa  55.5  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0423629  normal  0.0632269 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1940  transcriptional regulator, MarR family  32.67 
 
 
159 aa  55.5  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2782  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 
192 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00307717  normal  0.0921189 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4961  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 
192 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0717313  normal  0.154952 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0519  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
150 aa  55.5  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587381 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0709  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
146 aa  55.5  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.699549  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  35.44 
 
 
191 aa  55.5  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0842  transcriptional regulator, MarR family  36.36 
 
 
179 aa  55.1  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.701585 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  30.2 
 
 
162 aa  55.1  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1189  transcriptional regulator MarR family  32.65 
 
 
158 aa  55.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.622384  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2814  MarR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
172 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.388946 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1638  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 
171 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207859 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0100  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0813  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 
159 aa  55.1  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.800363  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1801  regulatory protein, MarR  36.08 
 
 
162 aa  55.1  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.458466  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2033  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
303 aa  54.7  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  29.36 
 
 
154 aa  55.1  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4219  MarR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
180 aa  54.7  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.260034 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1631  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
151 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.813551 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2769  regulatory protein, MarR  33.06 
 
 
174 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3289  MarR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
147 aa  54.7  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.131138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>