More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3507 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 140 aa  286  9e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  72.14 
 
 		 140 aa  216  6e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 140 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  71.43 
 
 		 140 aa  200  5e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 151 aa  139  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  49.61 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  49.61 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  49.61 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  49.61 
 
 		 165 aa  135  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 148 aa  133  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.06 
 
 		 155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  48.06 
 
 		 155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  63.04 
 
 		 92 aa  126  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  47.11 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  47.11 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  47.11 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  47.11 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  47.11 
 
 		 146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  42.11 
 
 		 167 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 146 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 155 aa  110  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  44.35 
 
 		 144 aa  110  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 146 aa  110  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  43.51 
 
 		 145 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  43.51 
 
 		 145 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  43.51 
 
 		 145 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  43.51 
 
 		 145 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  43.51 
 
 		 145 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 148 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  43.51 
 
 		 145 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  41.48 
 
 		 140 aa  106  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  42.75 
 
 		 145 aa  106  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  37.98 
 
 		 150 aa  103  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 150 aa  103  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 184 aa  100  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  42.28 
 
 		 154 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  39.1 
 
 		 154 aa  97.4  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 154 aa  97.4  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 163 aa  97.1  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.5 
 
 		 157 aa  97.1  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 144 aa  94.7  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  41.46 
 
 		 154 aa  94.4  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 158 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 171 aa  91.3  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  39.68 
 
 		 164 aa  90.5  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 178 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 161 aa  87  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 145 aa  87  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 161 aa  86.3  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  39.68 
 
 		 179 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 152 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 152 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2769  regulatory protein, MarR  33.04 
 
 		 174 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  29.32 
 
 		 157 aa  64.7  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0038  MarR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  38.04 
 
 		 146 aa  61.6  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 137 aa  61.6  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1149  transcriptional regulator, MarR family  34.44 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.332522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30420  transcriptional regulator  31.48 
 
 		 159 aa  60.8  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147448  normal  0.274535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  40.26 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  40.26 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1031  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 173 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  31.4 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4409  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  34.41 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  36.96 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  36.96 
 
 		 146 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  31.52 
 
 		 159 aa  57.4  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2273  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 159 aa  57  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.123846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4792  transcriptional regulator, MarR family  34.62 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0729618  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  30.53 
 
 		 153 aa  57  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  26.85 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0270  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0758  transcriptional regulator  33.94 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.379408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0049  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1669  putative transcriptional regulator  40.28 
 
 		 157 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407714  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 170 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  26.56 
 
 		 161 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3493  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00603959  normal  0.317297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 168 aa  56.2  0.0000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 164 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 156 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4585  transcriptional regulator, MarR family  33.07 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  29.82 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19380  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 		 157 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0892459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  35.37 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3230  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 163 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.9526  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>