More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2462 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  100 
 
 
155 aa  320  5e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  100 
 
 
155 aa  320  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
155 aa  320  5e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  76.81 
 
 
151 aa  218  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  67.61 
 
 
148 aa  208  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  67.61 
 
 
148 aa  208  2e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  66.44 
 
 
148 aa  208  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  66.44 
 
 
165 aa  206  7e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  65.77 
 
 
148 aa  204  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  70.5 
 
 
146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  70.5 
 
 
146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  70.5 
 
 
146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  70.5 
 
 
146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  70.5 
 
 
146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
140 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  49.24 
 
 
140 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  49.28 
 
 
148 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  48.06 
 
 
140 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  48.55 
 
 
145 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  48.55 
 
 
145 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  48.55 
 
 
145 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.55 
 
 
145 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.55 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.55 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  49.15 
 
 
140 aa  124  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  47.83 
 
 
146 aa  124  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  47.83 
 
 
155 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  47.83 
 
 
145 aa  122  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  46.38 
 
 
155 aa  121  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
146 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
155 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
140 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  42.54 
 
 
144 aa  110  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  39.39 
 
 
167 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  40.58 
 
 
154 aa  98.2  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  41.04 
 
 
154 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  39.55 
 
 
158 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
154 aa  92.4  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  40 
 
 
154 aa  92  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
163 aa  89.4  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.82 
 
 
157 aa  89  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
161 aa  89  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  35.88 
 
 
140 aa  88.2  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
171 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
178 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  37.3 
 
 
145 aa  83.6  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  33.83 
 
 
150 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
150 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
161 aa  82.8  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  39.68 
 
 
164 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
174 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
184 aa  80.1  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  39.64 
 
 
144 aa  79.7  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  38.1 
 
 
179 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
166 aa  79  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
152 aa  76.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  37.78 
 
 
92 aa  75.5  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
152 aa  68.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 
163 aa  67.4  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
158 aa  61.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  34.18 
 
 
161 aa  55.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0969  transcriptional regulator, MarR family  31.63 
 
 
171 aa  54.3  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000635233  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
165 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  28.85 
 
 
165 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 
151 aa  52  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 
142 aa  51.6  0.000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 
155 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1208  MarR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
143 aa  51.2  0.000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1149  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 
167 aa  50.8  0.000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.332522  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
149 aa  50.8  0.000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  28 
 
 
146 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0803  transcriptional regulator, MarR family  32.1 
 
 
177 aa  50.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  28 
 
 
146 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  28.83 
 
 
153 aa  50.1  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0910  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 
189 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.371157  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  28 
 
 
146 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  27.55 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1685  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
196 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.402727  normal  0.628244 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  27.55 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  27.55 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
137 aa  48.9  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  28.28 
 
 
175 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  27.73 
 
 
162 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6917  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 
165 aa  49.3  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.163351  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  27.55 
 
 
150 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1196  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
155 aa  49.3  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  27.73 
 
 
162 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  30.7 
 
 
146 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4558  MarR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
150 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3042  MarR family transcriptional regulator  23.88 
 
 
174 aa  48.9  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125227  hitchhiker  0.00142823 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  24.44 
 
 
191 aa  48.5  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1648  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
191 aa  48.9  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.575498  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1032  MarR family transcriptional regulator  26.73 
 
 
143 aa  48.9  0.00003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.119572  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0421  MarR family transcriptional regulator  27.55 
 
 
150 aa  48.5  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0670441  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  23.21 
 
 
160 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
162 aa  48.5  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>