293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1540 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 175 aa  361  3e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1031  MarR family transcriptional regulator  89.41 
 
 		 173 aa  317  7e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0722  transcriptional regulator, MarR family  80.61 
 
 		 175 aa  280  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.702858  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4103  MarR family transcriptional regulator  73.91 
 
 		 177 aa  262  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.595452 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2122  MarR family transcriptional regulator  74.39 
 
 		 169 aa  256  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000649422  normal  0.111554 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1184  MarR family transcriptional regulator  78.67 
 
 		 168 aa  253  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.535813 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3914  MarR family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 170 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0910  MarR family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 189 aa  175  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.371157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6111  regulatory protein, MarR  47.01 
 
 		 158 aa  132  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0830  MarR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 161 aa  65.1  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.170998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  33.02 
 
 		 158 aa  62  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3259  MarR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0457343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4564  Transcriptional regulators-like protein  32.99 
 
 		 261 aa  58.2  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  0.0271107 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  31.82 
 
 		 165 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2693  MarR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 157 aa  57.4  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.116761  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  31.82 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.82 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.82 
 
 		 148 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4490  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7572  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 120 aa  53.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.334698 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0968  MarR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 145 aa  53.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798685 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 147 aa  52.8  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4026  MarR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 204 aa  52.8  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1851  putative transcription regulator protein  30.69 
 
 		 155 aa  52  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0882274 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 143 aa  52.4  0.000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 156 aa  52  0.000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 155 aa  52  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2619  transcriptional regulator, MarR family  27.83 
 
 		 167 aa  51.6  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 155 aa  51.6  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.07 
 
 		 146 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.07 
 
 		 146 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.07 
 
 		 146 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.07 
 
 		 146 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.07 
 
 		 146 aa  51.2  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2288  transcriptional regulator, MarR family  34.34 
 
 		 140 aa  50.8  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.068173 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 146 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 143 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 138 aa  50.4  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0891  transcriptional regulator, MarR family  34.62 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 146 aa  50.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0713  transcriptional regulator, MarR family  28.99 
 
 		 145 aa  49.7  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174974 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5172  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 		 151 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2992  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 167 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.598417  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 145 aa  49.7  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3090  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 180 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.742362  normal  0.0240914 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 155 aa  49.7  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1741  MarR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15661  normal  0.360126 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 140 aa  49.7  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2532  transcriptional regulator, MarR family  25.47 
 
 		 166 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.162999 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 		 149 aa  50.1  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  28.28 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1827  MarR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 153 aa  49.3  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.331239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  28.28 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6524  transcriptional regulator, MarR family  29.03 
 
 		 146 aa  48.5  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00893581  normal  0.0928109 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1849  putative transcription regulator protein  31.58 
 
 		 157 aa  48.5  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705598  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 137 aa  48.5  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3626  regulatory protein, MarR  29.7 
 
 		 157 aa  48.5  0.00005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000000021465  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3476  MarR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 155 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3146  MarR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 168 aa  48.1  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2105  MarR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 139 aa  48.1  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000763901  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2690  transcriptional regulator, MarR family  30.25 
 
 		 175 aa  48.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179811  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1213  transcriptional regulator, MarR family  24.49 
 
 		 186 aa  47.8  0.00007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  26.06 
 
 		 146 aa  47.8  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0131  transcriptional regulator, MarR family  29.79 
 
 		 156 aa  47.8  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000555257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3148  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 145 aa  47.8  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  31.63 
 
 		 139 aa  47.8  0.00009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1928  transcriptional regulator, MarR family  25.18 
 
 		 138 aa  47  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.428879 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4489  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.364343 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1768  transcriptional regulator, MarR family  30.3 
 
 		 157 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3099  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.634884  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4315  hypothetical protein  33.96 
 
 		 171 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.285013  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3085  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.729277  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2996  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 144 aa  47  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000177119  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3321  transcriptional regulator, MarR family  25.18 
 
 		 138 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3109  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 154 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3344  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 138 aa  47  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 148 aa  47.4  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1325  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 157 aa  47.4  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3012  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135712  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3304  transcriptional regulator, MarR family  25.18 
 
 		 138 aa  47  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 159 aa  47.4  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 147 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  30.58 
 
 		 142 aa  47  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5298  MarR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 155 aa  47.4  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3314  transcriptional regulator, MarR family  25.18 
 
 		 138 aa  47  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3838  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 154 aa  47.4  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  32.63 
 
 		 158 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3441  MarR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 189 aa  46.6  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933202  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>