109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1849 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1849  putative transcription regulator protein  100 
 
 
157 aa  318  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705598  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1851  putative transcription regulator protein  58.67 
 
 
155 aa  184  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0882274 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7572  MarR family transcriptional regulator  59.17 
 
 
120 aa  147  8e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.334698 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  46.04 
 
 
158 aa  118  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1446  regulatory protein MarR  49.28 
 
 
172 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.363143 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1721  transcriptional regulator, MarR family  49.28 
 
 
163 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00761179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  47.01 
 
 
202 aa  107  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3148  MarR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
145 aa  105  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2962  MarR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
167 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.273789  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  42.11 
 
 
157 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0033  MarR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
179 aa  97.1  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.674408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3090  MarR family transcriptional regulator  42.42 
 
 
180 aa  94.4  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.742362  normal  0.0240914 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1105  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
143 aa  91.3  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3934  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 
151 aa  90.5  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.530394  decreased coverage  0.00586866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2725  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
155 aa  82.8  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4041  transcriptional regulator, MarR family  34.31 
 
 
148 aa  79.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4073  regulatory protein MarR  39 
 
 
147 aa  75.1  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2156  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
154 aa  72  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.851939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0218  transcriptional regulator, MarR family  34.69 
 
 
147 aa  71.6  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.812852  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0247  transcriptional regulator, MarR family  34.23 
 
 
144 aa  70.5  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.427949  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0570  transcriptional regulator, MarR family  31.29 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3646  transcriptional regulator, MarR family  35.07 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12043  hypothetical protein  31.82 
 
 
143 aa  67.4  0.00000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.506773  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0765  MarR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
161 aa  67  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00380869  hitchhiker  0.0000756657 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4358  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
148 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000202613  unclonable  0.00000493526 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4875  MarR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
148 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000623298  hitchhiker  0.0000000014051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4926  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
189 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000606834  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5361  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
189 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000465127  normal  0.0688552 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3441  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
189 aa  63.9  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933202  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1560  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
151 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1036  MarR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
85 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0755699  normal  0.33215 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0862  MarR family transcriptional regulator  38.75 
 
 
152 aa  54.7  0.0000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.529832  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  28.24 
 
 
146 aa  54.3  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4103  MarR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
177 aa  53.9  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.595452 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1642  transcriptional regulator, MarR family  29.52 
 
 
150 aa  53.9  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3737  regulatory protein, MarR  28.68 
 
 
144 aa  52  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.366539  normal  0.0258471 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0317  transcriptional regulator, MarR family  27.36 
 
 
146 aa  51.6  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
171 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2122  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
169 aa  50.8  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000649422  normal  0.111554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1031  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
173 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552189  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1184  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
168 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.535813 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0722  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
175 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.702858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17310  regulatory protein, MarR family  32.94 
 
 
135 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  31.58 
 
 
175 aa  48.5  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1882  MarR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
154 aa  47.8  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.64976  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3914  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
170 aa  47.4  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1543  MarR family transcriptional regulator  23.58 
 
 
171 aa  46.6  0.0001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1645  transcriptional regulator, MarR family  26.47 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150607  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1469  MarR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.184271 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3645  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
160 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.610446  normal  0.0262882 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3167  transcriptional regulator, putative  24.24 
 
 
141 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.841227  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  33.72 
 
 
149 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2992  MarR family transcriptional regulator  27.86 
 
 
167 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.598417  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2288  transcriptional regulator, MarR family  32.59 
 
 
140 aa  45.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.068173 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2232  transcriptional regulator, MarR family  30.43 
 
 
151 aa  45.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00982992  hitchhiker  0.00000264817 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5446  MarR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
219 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.668367 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5843  MarR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
200 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2264  transcriptional regulator, MarR family  32.63 
 
 
158 aa  44.7  0.0005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.201704  normal  0.338142 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3550  MarR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
157 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201154  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2224  MarR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
157 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03639  hypothetical protein  32.05 
 
 
283 aa  44.3  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  24.43 
 
 
149 aa  44.3  0.0007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7675  transcriptional regulator, MarR family  44.23 
 
 
157 aa  43.9  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4487  MarR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
180 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000975501  hitchhiker  0.000429514 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3146  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
168 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4395  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
139 aa  43.5  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2077  MarR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
157 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4137  transcriptional regulator, MarR family  25.48 
 
 
153 aa  43.9  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3950  transcriptional regulator, MarR family  25.98 
 
 
180 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  26.67 
 
 
147 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  26.67 
 
 
147 aa  43.5  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1511  transcriptional regulator, MarR family  25.71 
 
 
175 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  26.45 
 
 
146 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2732  hypothetical protein  37.14 
 
 
157 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2534  MarR family transcriptional regulator  24.03 
 
 
152 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0187  transcriptional regulator, MarR family  40.74 
 
 
153 aa  42.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.713112  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1979  MarR family transcriptional regulator  23.71 
 
 
140 aa  43.1  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105372  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2372  MarR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
157 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  25.78 
 
 
176 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0866  transcriptional regulator, MarR family  30.2 
 
 
159 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  24.35 
 
 
141 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  30.43 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002424  transcriptional regulator MarR family/GCN5-related N-acetyltransferase  31.71 
 
 
301 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  21.43 
 
 
143 aa  42  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  21.43 
 
 
143 aa  42.4  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5035  transcriptional regulator, MarR family  33.75 
 
 
140 aa  42.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.1398  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0707  regulatory protein MarR  24.37 
 
 
151 aa  41.2  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1612  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.5 
 
 
144 aa  41.2  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1732  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.5 
 
 
144 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2128  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.5 
 
 
144 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.318768  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1640  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.5 
 
 
144 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1675  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.5 
 
 
144 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2144  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.5 
 
 
144 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.517462  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  24.56 
 
 
149 aa  41.2  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1782  MarR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
159 aa  41.2  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6943  MarR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
148 aa  41.2  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
145 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 
164 aa  40.8  0.007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2466  Transcriptional regulators-like protein  36.36 
 
 
145 aa  40.8  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0564534  normal  0.0878491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6813  hypothetical protein  29.06 
 
 
152 aa  40.8  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.611714  normal  0.242939 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>