More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A1195 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  100 
 
 
146 aa  300  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  100 
 
 
146 aa  300  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  100 
 
 
146 aa  300  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  100 
 
 
146 aa  300  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  100 
 
 
146 aa  300  5.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  80.88 
 
 
148 aa  234  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  80.88 
 
 
148 aa  235  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  80.88 
 
 
148 aa  235  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  80.88 
 
 
165 aa  234  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  80.15 
 
 
148 aa  231  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  70.5 
 
 
155 aa  210  4.9999999999999996e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  72.14 
 
 
151 aa  210  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  70.5 
 
 
155 aa  210  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  70.5 
 
 
155 aa  210  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  53.49 
 
 
140 aa  150  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  50.39 
 
 
140 aa  140  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  48.06 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  51.69 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  46.72 
 
 
148 aa  120  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
146 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  45.26 
 
 
155 aa  120  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
155 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
146 aa  120  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
155 aa  120  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
155 aa  120  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  45.99 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  45.99 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  45.99 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.99 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.99 
 
 
145 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.99 
 
 
145 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.99 
 
 
145 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
140 aa  117  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  43.28 
 
 
144 aa  108  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  37.88 
 
 
167 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
163 aa  92.8  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  34.09 
 
 
140 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.98 
 
 
157 aa  93.2  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  49.43 
 
 
92 aa  91.3  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  37.88 
 
 
154 aa  90.5  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  35.82 
 
 
150 aa  90.5  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  35.82 
 
 
150 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
158 aa  89  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
184 aa  89.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  37.01 
 
 
154 aa  88.6  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  36.23 
 
 
154 aa  88.6  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
161 aa  87.8  5e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
171 aa  83.6  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
154 aa  79.7  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
178 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  37.4 
 
 
166 aa  78.6  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  37.3 
 
 
164 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  76.6  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  40.22 
 
 
144 aa  76.3  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  41.05 
 
 
179 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
161 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
152 aa  72.8  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
174 aa  71.2  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 
152 aa  65.1  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 
161 aa  61.6  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3332  transcriptional regulator, MarR family  32.09 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.610644  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
147 aa  58.5  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1106  MarR family transcriptional regulator  23.02 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0962  MarR family transcriptional regulator  23.02 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000434573  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  29.51 
 
 
142 aa  57  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
137 aa  57  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  30.39 
 
 
165 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  30.39 
 
 
165 aa  55.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  29.86 
 
 
157 aa  55.1  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0897  MarR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
159 aa  55.1  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  29.55 
 
 
147 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3914  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
170 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1685  MarR family transcriptional regulator  28.45 
 
 
196 aa  53.9  0.0000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.402727  normal  0.628244 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1648  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
191 aa  53.9  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.575498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 
158 aa  52.8  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0045  transcriptional regulator, MarR family  35.04 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.17709  normal  0.0234006 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0283  transcriptional regulator, MarR family  28.07 
 
 
146 aa  52.8  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20780  transcriptional regulator, MarR family  26.62 
 
 
152 aa  53.5  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  30 
 
 
163 aa  53.1  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  29.91 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03887  transcriptional regulator MarR family  29.63 
 
 
152 aa  52.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4993  MarR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
169 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1149  transcriptional regulator, MarR family  30.61 
 
 
167 aa  52.8  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.332522  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1031  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
173 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552189  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  29.91 
 
 
175 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 
138 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1328  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2950  transcriptional regulator, MarR family  28.21 
 
 
149 aa  51.6  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  29.91 
 
 
146 aa  52  0.000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  29.91 
 
 
146 aa  52  0.000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1184  MarR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
168 aa  52  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.535813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  28.45 
 
 
157 aa  51.6  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7901  transcriptional regulator, MarR family  28.78 
 
 
161 aa  51.2  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0969  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 
171 aa  51.6  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000635233  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6384  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
143 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2695  transcriptional regulator, MarR family  27.59 
 
 
172 aa  51.2  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.21037  hitchhiker  0.0000565476 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
150 aa  50.8  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>