273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3090 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3090  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
180 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.742362  normal  0.0240914 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0033  MarR family transcriptional regulator  75.29 
 
 
179 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.674408  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2962  MarR family transcriptional regulator  73.05 
 
 
167 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.273789  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  75.8 
 
 
157 aa  237  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3934  MarR family transcriptional regulator  46.98 
 
 
151 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.530394  decreased coverage  0.00586866 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1851  putative transcription regulator protein  43.84 
 
 
155 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0882274 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  57.58 
 
 
202 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  53.51 
 
 
158 aa  112  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1446  regulatory protein MarR  56.48 
 
 
172 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.363143 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1721  transcriptional regulator, MarR family  61.54 
 
 
163 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00761179 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7572  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 
120 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.334698 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5361  MarR family transcriptional regulator  36.77 
 
 
189 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000465127  normal  0.0688552 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1105  MarR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
143 aa  105  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0765  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
161 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00380869  hitchhiker  0.0000756657 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3441  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
189 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933202  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4358  MarR family transcriptional regulator  41.8 
 
 
148 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000202613  unclonable  0.00000493526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4926  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
189 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000606834  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4875  MarR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
148 aa  101  7e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000623298  hitchhiker  0.0000000014051 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3148  MarR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
145 aa  100  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1849  putative transcription regulator protein  42.42 
 
 
157 aa  94.4  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705598  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2725  MarR family transcriptional regulator  42.74 
 
 
155 aa  93.2  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2156  MarR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
154 aa  92.8  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.851939 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4073  regulatory protein MarR  37.31 
 
 
147 aa  92.8  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0218  transcriptional regulator, MarR family  45.67 
 
 
147 aa  90.9  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.812852  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3646  transcriptional regulator, MarR family  40.32 
 
 
151 aa  90.5  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0247  transcriptional regulator, MarR family  47.22 
 
 
144 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.427949  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0570  transcriptional regulator, MarR family  39.69 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4041  transcriptional regulator, MarR family  40.16 
 
 
148 aa  85.5  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1560  MarR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
151 aa  68.2  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12043  hypothetical protein  35.58 
 
 
143 aa  67  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.506773  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1036  MarR family transcriptional regulator  52.73 
 
 
85 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0755699  normal  0.33215 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6874  transcriptional regulator, MarR family  33.9 
 
 
138 aa  58.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2732  hypothetical protein  33.33 
 
 
157 aa  54.3  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5035  transcriptional regulator, MarR family  35.35 
 
 
140 aa  54.3  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.1398  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2086  MarR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
155 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.788837  hitchhiker  0.000000978102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0659  MarR family transcriptional regulator  29.45 
 
 
159 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1273  transcriptional regulator, MarR family  30.33 
 
 
168 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3300  transcriptional regulator, MarR family  32.46 
 
 
147 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5147  transcriptional regulator, MarR family  33.65 
 
 
146 aa  53.1  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2812  MarR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
137 aa  52.4  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0746607  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28520  transcriptional regulator  35.65 
 
 
166 aa  52.4  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.11244 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1827  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
153 aa  52  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.331239  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4146  regulatory protein MarR  30.77 
 
 
153 aa  51.6  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2122  MarR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
169 aa  50.8  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000649422  normal  0.111554 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
143 aa  50.8  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
156 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3628  hypothetical protein  27.43 
 
 
149 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0952966  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3216  MarR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
174 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0422342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1031  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
173 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.552189  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  26.67 
 
 
175 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0862  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
152 aa  50.1  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.529832  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0187  transcriptional regulator, MarR family  44.07 
 
 
153 aa  50.1  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.713112  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0022  transcriptional regulator, MarR family  31.53 
 
 
146 aa  50.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0362  transcriptional regulator, MarR family  31.73 
 
 
177 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0637  transcriptional regulator, MarR family  31.73 
 
 
170 aa  49.3  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0722  transcriptional regulator, MarR family  28.69 
 
 
175 aa  49.3  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.702858  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  27.73 
 
 
147 aa  48.9  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  36.59 
 
 
155 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1184  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 
168 aa  48.9  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.535813 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4106  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
174 aa  48.9  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.270127  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0920  MarR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
181 aa  48.5  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.428707 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4666  MarR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
180 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.846899  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3697  MarR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
180 aa  48.5  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.815296 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
143 aa  48.5  0.00006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3914  MarR family transcriptional regulator  27.62 
 
 
170 aa  48.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4592  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
167 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00218111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5222  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
167 aa  48.5  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4103  MarR family transcriptional regulator  27 
 
 
177 aa  48.1  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.595452 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5248  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
151 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.282441  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5637  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
147 aa  48.1  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701492  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5336  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
151 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.293186 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0579  MarR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
148 aa  48.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.14462  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0682  MarR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
157 aa  48.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5627  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
151 aa  48.1  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.281141  normal  0.686349 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3067  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 
166 aa  47.8  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0862  MarR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
156 aa  47  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2407  MarR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
167 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445055  normal  0.878491 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0842  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 
179 aa  47  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.701585 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0628  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.382396  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3893  MarR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
158 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.811485  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1677  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6435  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 
178 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.414411 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0546  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5112  MarR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
155 aa  47  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522104  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5651  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0956535  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1702  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00165311  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0537  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.075487  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1651  MarR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
172 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.902908  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  30.77 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5466  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
167 aa  46.6  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.17419 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  30.77 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  30.77 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0049  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
167 aa  46.6  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157141  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2413  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
180 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  30.48 
 
 
146 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 
146 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2718  transcriptional regulator  33.67 
 
 
290 aa  46.2  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2666  transcriptional regulator SlyA  32.38 
 
 
145 aa  46.2  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0001523  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  30.77 
 
 
144 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>