More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3494 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 140 aa  287  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  72.86 
 
 		 140 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  70.71 
 
 		 140 aa  210  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  71.43 
 
 		 140 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  51.94 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  51.94 
 
 		 148 aa  147  5e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  51.94 
 
 		 148 aa  147  6e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  51.94 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 		 151 aa  144  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 148 aa  144  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  52.07 
 
 		 146 aa  139  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  52.07 
 
 		 146 aa  139  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  52.07 
 
 		 146 aa  139  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  52.07 
 
 		 146 aa  139  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  52.07 
 
 		 146 aa  139  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  68.48 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 155 aa  135  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  48.84 
 
 		 155 aa  135  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.84 
 
 		 155 aa  135  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 140 aa  129  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  46.27 
 
 		 144 aa  121  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  42.64 
 
 		 150 aa  114  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 150 aa  114  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  44.7 
 
 		 167 aa  113  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 155 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 155 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 146 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  45.04 
 
 		 145 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  45.04 
 
 		 145 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  45.04 
 
 		 145 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.04 
 
 		 145 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.04 
 
 		 145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.04 
 
 		 145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.04 
 
 		 145 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  43.61 
 
 		 155 aa  110  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 155 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 146 aa  110  9e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 148 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  41.67 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 158 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  41.46 
 
 		 154 aa  103  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  39.84 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 163 aa  101  3e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.98 
 
 		 157 aa  101  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  40.65 
 
 		 154 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 144 aa  97.4  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 161 aa  97.1  7e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 184 aa  96.3  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 171 aa  96.3  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  41.54 
 
 		 164 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 178 aa  92.8  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 154 aa  92  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  43.08 
 
 		 179 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 145 aa  91.3  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 174 aa  89  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 166 aa  84.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 161 aa  84.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 152 aa  70.1  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 163 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  34.11 
 
 		 157 aa  67.4  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32610  transcriptional regulator  36.54 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0590673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 158 aa  61.2  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3493  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00603959  normal  0.317297 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1702  hypothetical protein  30.23 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.588844  normal  0.186325 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5089  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.104919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  39.74 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1149  transcriptional regulator, MarR family  35.56 
 
 		 167 aa  58.2  0.00000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.332522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0038  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01430  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 161 aa  57.4  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4409  transcriptional regulator, MarR family  28.21 
 
 		 161 aa  57  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  34.94 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  32.79 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  34.69 
 
 		 156 aa  56.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  28.23 
 
 		 161 aa  56.6  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0767  transcriptional regulator, MarR family  35.19 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3073  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 149 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  31.68 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  31.68 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  28.12 
 
 		 142 aa  55.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3991  transcriptional regulator, MarR family  40.54 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  28.23 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  31.68 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  31.68 
 
 		 134 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  31.68 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2865  MarR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 156 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2101  MarR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0043362  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  27.78 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0519  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 150 aa  53.9  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00587381 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2273  MarR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 159 aa  53.5  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.123846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3041  MarR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 135 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 143 aa  53.5  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  31.01 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>