More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5089 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5089  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
145 aa  289  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.104919  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0280  MarR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
186 aa  117  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7166  transcriptional regulator, MarR family  49.15 
 
 
187 aa  117  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.567049  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4070  MarR family transcriptional regulator  46.62 
 
 
185 aa  116  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1325  MarR family transcriptional regulator  49.22 
 
 
157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3146  MarR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
162 aa  115  3e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2241  MarR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
161 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117879  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1511  transcriptional regulator, MarR family  48.72 
 
 
175 aa  112  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4490  MarR family transcriptional regulator  45.6 
 
 
162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0494  MarR family transcriptional regulator  44.7 
 
 
163 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.143828  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3618  MarR family transcriptional regulator  43.18 
 
 
158 aa  110  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.271372 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0592  MarR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
161 aa  110  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02009  putative transcription regulator protein  45.6 
 
 
201 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644925  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0830  MarR family transcriptional regulator  47.93 
 
 
161 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.170998  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3178  MarR family transcriptional regulator  44.96 
 
 
203 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0352052  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2992  MarR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
167 aa  105  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.598417  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3259  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
167 aa  102  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0457343  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3946  transcriptional regulator, MarR family  44 
 
 
194 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0859911 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3833  transcriptional regulator, MarR family  44 
 
 
194 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1213  transcriptional regulator, MarR family  40.91 
 
 
186 aa  100  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5039  transcriptional regulator, MarR family  41.67 
 
 
158 aa  100  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4026  MarR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
204 aa  99.4  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2276  MarR family transcriptional regulator  48.36 
 
 
158 aa  99.4  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2687  MarR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
164 aa  98.2  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.352075 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2693  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
157 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.116761  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25260  transcriptional regulator  39.85 
 
 
163 aa  72.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.113734  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1425  transcriptional regulator, MarR family  34.65 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689424 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1253  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1226  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.194022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1228  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1352  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1491  transcriptional regulator, MarR family  34.65 
 
 
148 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1251  MarR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
148 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1450  MarR family transcriptional regulator  34.65 
 
 
148 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
147 aa  70.1  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  34.59 
 
 
157 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3956  transcriptional regulator, MarR family  34.65 
 
 
148 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.410327 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0118  transcriptional regulator, MarR family  43.69 
 
 
164 aa  69.3  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466512  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1388  transcriptional regulator, MarR family  34.65 
 
 
148 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1060  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
162 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0942  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
164 aa  67  0.00000000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.388439 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4564  Transcriptional regulators-like protein  38.2 
 
 
261 aa  65.5  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  0.0271107 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1384  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
198 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2954  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.237643  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1423  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
191 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0889  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
157 aa  64.3  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.432936  normal  0.269103 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6082  transcriptional regulator, MarR family  38.89 
 
 
167 aa  63.9  0.0000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.352412  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0683  transcriptional regulator, MarR family protein  36.43 
 
 
167 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.157665  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2977  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
138 aa  63.9  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.704241  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  36.7 
 
 
165 aa  63.9  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1499  MarR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
166 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364247  normal  0.593095 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3240  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 
164 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0855  transcriptional regulator, MarR family  27.94 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1400  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
212 aa  62.8  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1311  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
192 aa  62.8  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1582  MarR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
179 aa  62.8  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4285  transcriptional regulator, MarR family  34.17 
 
 
166 aa  62.8  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  30.47 
 
 
147 aa  62.4  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  31.97 
 
 
158 aa  62  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3051  transcriptional regulator, MarR family  31.63 
 
 
137 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.193524  hitchhiker  0.00149188 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2454  MarR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
162 aa  61.6  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0859924 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2759  MarR family transcriptional regulator  38 
 
 
178 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28520  transcriptional regulator  36.11 
 
 
166 aa  61.6  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.11244 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4521  transcriptional regulator, MarR family  34.81 
 
 
168 aa  61.2  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.586823 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2859  MarR family transcriptional regulator  38 
 
 
197 aa  60.8  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.195549 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  34.13 
 
 
157 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  33.33 
 
 
157 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3827  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
172 aa  60.5  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.360185  normal  0.0550359 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0149  transcription regulator protein  35.24 
 
 
157 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8699  transcriptional regulator, MarR family  35.86 
 
 
182 aa  60.5  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.176429 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  33.86 
 
 
166 aa  60.5  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  34.29 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1208  transcriptional regulator, MarR family  37.14 
 
 
147 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00251951  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0411  regulatory protein, MarR  38.39 
 
 
164 aa  60.1  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.780525  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  32.11 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3065  transcriptional regulator, MarR family  35.24 
 
 
147 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0826002 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  38 
 
 
178 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2084  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 
147 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2531  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
173 aa  59.3  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0069  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
166 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2244  transcriptional regulator, MarR family  31.71 
 
 
155 aa  58.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0868  transcriptional regulator, MarR family  41.28 
 
 
172 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.910942  normal  0.3446 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 
162 aa  58.2  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0731  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 
156 aa  58.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000118752  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  33.61 
 
 
162 aa  58.2  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0637  transcriptional regulator, MarR family  37.14 
 
 
170 aa  58.5  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  34.55 
 
 
170 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0533  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
165 aa  58.2  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2619  transcriptional regulator, MarR family  32.08 
 
 
167 aa  58.2  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0991  transcriptional regulator, MarR family  35.71 
 
 
166 aa  57.8  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3527  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
173 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1216  transcriptional regulator, MarR family  39.53 
 
 
149 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298093  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0362  MarR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
147 aa  57.8  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02201  hypothetical protein  31.78 
 
 
160 aa  57.4  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3332  transcriptional regulator, MarR family  36.54 
 
 
138 aa  57  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.610644  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3566  MarR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
164 aa  57  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1315  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
149 aa  56.2  0.0000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3500  MarR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
164 aa  56.2  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>