More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3470 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 144 aa  281  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 145 aa  151  4e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  43.7 
 
 		 167 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.97 
 
 		 157 aa  110  5e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 163 aa  110  6e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 154 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  38.64 
 
 		 140 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 140 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 140 aa  94.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 152 aa  95.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 163 aa  92  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  43.75 
 
 		 154 aa  92  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  40.77 
 
 		 154 aa  92  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  43.75 
 
 		 154 aa  91.7  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  38.98 
 
 		 140 aa  92  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 140 aa  91.3  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 178 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  39.1 
 
 		 164 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 150 aa  87.8  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  36.3 
 
 		 150 aa  87  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  37.59 
 
 		 179 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  38.64 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 151 aa  85.9  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 158 aa  84.7  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  38.93 
 
 		 140 aa  83.6  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.91 
 
 		 145 aa  83.6  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.91 
 
 		 145 aa  83.6  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  40.91 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  40.91 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  40.91 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.91 
 
 		 145 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 184 aa  82  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.04 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.04 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.04 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  37.04 
 
 		 165 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 148 aa  80.9  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 152 aa  80.1  0.000000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 148 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  39.64 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  39.64 
 
 		 155 aa  79.7  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.57 
 
 		 145 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 155 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 161 aa  78.6  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 146 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.22 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.22 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.22 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.22 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.22 
 
 		 146 aa  75.5  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 146 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 155 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  28.99 
 
 		 161 aa  65.9  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 174 aa  61.6  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1306  MarR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 149 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335381  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0986  MarR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  35.05 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2432  MarR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21070  transcriptional regulator  38.46 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0533  MarR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 165 aa  56.6  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  31.11 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0874  transcriptional regulator, MarR family  31.19 
 
 		 158 aa  56.2  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.211566  normal  0.0694607 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1060  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  29.92 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1491  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2167  transcriptional regulator, MarR family  37.33 
 
 		 161 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  27.97 
 
 		 147 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1450  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0241  regulatory protein, MarR  32.26 
 
 		 151 aa  54.3  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.41283  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2865  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2171  regulatory protein, MarR  33.66 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2214  MarR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 159 aa  53.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.514813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2621  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 154 aa  53.9  0.0000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276728  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1253  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1226  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.194022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1228  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1352  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1425  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 148 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689424 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1106  MarR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 140 aa  53.5  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0962  MarR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 140 aa  53.5  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000434573  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1388  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 148 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 158 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  30.71 
 
 		 157 aa  53.1  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0855  transcriptional regulator, MarR family  30.23 
 
 		 147 aa  53.1  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0942  MarR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 164 aa  53.1  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.388439 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30810  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 144 aa  53.1  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3956  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 148 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.410327 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0013  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 142 aa  52.4  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.75941  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  29.29 
 
 		 141 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3570  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 171 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  31.34 
 
 		 146 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>