More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0246 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 144 aa  290  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  52.82 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  50.71 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  50.71 
 
 		 145 aa  135  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  50.71 
 
 		 145 aa  134  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  50.71 
 
 		 145 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  50.71 
 
 		 145 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  50.71 
 
 		 145 aa  134  5e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 155 aa  133  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  50 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 146 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 146 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 155 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 155 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  45.71 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  44.93 
 
 		 154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  48.39 
 
 		 140 aa  126  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  44.2 
 
 		 154 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 140 aa  121  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 150 aa  121  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  45.11 
 
 		 150 aa  119  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  46.9 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 151 aa  111  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 140 aa  110  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 174 aa  110  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  42.54 
 
 		 165 aa  110  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  42.54 
 
 		 155 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 155 aa  110  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  42.54 
 
 		 155 aa  110  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  42.54 
 
 		 148 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  42.54 
 
 		 148 aa  110  7.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  42.54 
 
 		 148 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 148 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 158 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 163 aa  106  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.16 
 
 		 157 aa  106  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 171 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  43.94 
 
 		 179 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 178 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  37.98 
 
 		 140 aa  97.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.65 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.65 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.65 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.65 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  40.94 
 
 		 164 aa  95.1  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.65 
 
 		 146 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  40.3 
 
 		 167 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 154 aa  90.9  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 161 aa  88.2  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 152 aa  88.2  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 184 aa  87  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 144 aa  86.3  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 161 aa  85.9  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 145 aa  85.1  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 166 aa  84.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 152 aa  73.9  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 163 aa  67.4  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  30.94 
 
 		 161 aa  66.6  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  30 
 
 		 165 aa  66.2  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  36.78 
 
 		 92 aa  65.5  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  30.71 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 165 aa  62.4  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 158 aa  57.8  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1040  transcriptional regulator, MarR family  31.45 
 
 		 156 aa  57.4  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.343203  normal  0.534786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  29.36 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0270  MarR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 142 aa  54.3  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 161 aa  53.5  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  25.6 
 
 		 191 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  25.66 
 
 		 142 aa  52.8  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  28.08 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4143  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.307791  hitchhiker  0.00487322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 164 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 168 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 149 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6436  transcriptional regulator, MarR family  30.91 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.408457 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4745  transcriptional regulator, MarR family  34.09 
 
 		 147 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427221 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3668  transcriptional regulator, MarR family  34.09 
 
 		 147 aa  51.2  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400003  normal  0.620653 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2954  MarR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 155 aa  50.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 143 aa  50.8  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 143 aa  50.8  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 150 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0649  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4585  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  32.58 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  32.58 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5755  transcriptional regulator, MarR family  36.79 
 
 		 142 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.373966 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4312  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 150 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2362  MarR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 173 aa  49.3  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.438216  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4558  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  35.8 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  35.8 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 156 aa  49.3  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 137 aa  48.5  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>