293 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1625 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 
154 aa  315  1e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  97.39 
 
 
154 aa  304  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  81.82 
 
 
154 aa  255  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  50 
 
 
145 aa  141  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  49.3 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  49.3 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  49.3 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  49.3 
 
 
145 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.59 
 
 
145 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  48.59 
 
 
145 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
146 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
146 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  47.18 
 
 
148 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
155 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  46.48 
 
 
155 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  45.07 
 
 
155 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  46.72 
 
 
158 aa  126  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  44.2 
 
 
144 aa  124  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  44.62 
 
 
150 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
150 aa  123  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  51.28 
 
 
140 aa  121  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  45.31 
 
 
184 aa  109  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  42.34 
 
 
179 aa  108  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  41.22 
 
 
167 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  44.72 
 
 
178 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
166 aa  104  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  42.22 
 
 
164 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
171 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
151 aa  100  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
140 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
154 aa  99  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  41.46 
 
 
140 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  40.58 
 
 
155 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  40.58 
 
 
155 aa  98.2  4e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.58 
 
 
155 aa  98.2  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40 
 
 
157 aa  97.4  7e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 
163 aa  97.1  7e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 
140 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
161 aa  94.4  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
140 aa  94.4  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  43.97 
 
 
145 aa  92.8  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
144 aa  91.7  4e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  37.88 
 
 
165 aa  90.9  6e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.88 
 
 
148 aa  90.5  8e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.88 
 
 
148 aa  90.5  8e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.88 
 
 
148 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
148 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
152 aa  87.8  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.35 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.35 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.35 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.35 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.35 
 
 
146 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  36.89 
 
 
140 aa  82.8  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  32.59 
 
 
161 aa  77.8  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
152 aa  76.6  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
163 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  29.85 
 
 
161 aa  60.5  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  28.67 
 
 
158 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  26.67 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  32.1 
 
 
92 aa  53.5  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  31.11 
 
 
157 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1844  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 
141 aa  53.5  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  26.12 
 
 
164 aa  52.4  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
141 aa  51.6  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
149 aa  50.8  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0111  transcriptional regulator, MarR family  25.55 
 
 
147 aa  50.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3099  MarR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.634884  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3085  MarR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.729277  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2996  MarR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
144 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000177119  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21070  transcriptional regulator  30.93 
 
 
143 aa  49.3  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0283  transcriptional regulator, MarR family  32.97 
 
 
146 aa  49.3  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3012  MarR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
139 aa  49.7  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.135712  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  31.4 
 
 
165 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2174  transcriptional regulator, MarR family  30.11 
 
 
165 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.789823  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3308  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2456  transcriptional regulator, MarR family  31.18 
 
 
168 aa  48.9  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.768302  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
154 aa  48.9  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3344  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3304  transcriptional regulator, MarR family  27.45 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.779081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2395  transcriptional regulator SlyA  31.06 
 
 
149 aa  48.5  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2161  transcriptional regulator, MarR family  29 
 
 
176 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3314  transcriptional regulator, MarR family  27.45 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1928  transcriptional regulator, MarR family  27.45 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.428879 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3321  transcriptional regulator, MarR family  27.45 
 
 
138 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3415  MarR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
149 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0058743 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0855  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 
147 aa  48.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
156 aa  48.1  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
165 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1979  MarR family transcriptional regulator  22.88 
 
 
148 aa  47.8  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.293759  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2070  transcriptional regulator MarR  35.96 
 
 
151 aa  47.4  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.317078 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  23.48 
 
 
147 aa  47  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2676  transcriptional regulator, MarR family  29.35 
 
 
164 aa  47.4  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0241  transcriptional regulator, MarR family  35.94 
 
 
165 aa  47  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.932018  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1996  transcriptional regulator, MarR family  31.93 
 
 
172 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>