More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4296 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 161 aa  323  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 171 aa  110  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  43.17 
 
 		 164 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 163 aa  104  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.97 
 
 		 157 aa  104  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 178 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  39.57 
 
 		 179 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  34.59 
 
 		 167 aa  98.2  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 184 aa  97.4  6e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 154 aa  97.4  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  34.81 
 
 		 144 aa  88.2  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 146 aa  87.8  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  33.08 
 
 		 145 aa  87.4  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  33.08 
 
 		 145 aa  87.4  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.08 
 
 		 145 aa  87.4  8e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 155 aa  87.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  33.08 
 
 		 145 aa  87.4  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 155 aa  87.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 140 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.35 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 140 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.33 
 
 		 145 aa  84.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.33 
 
 		 145 aa  84.3  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.07 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  34.07 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  34.09 
 
 		 140 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 155 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 146 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 140 aa  81.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 155 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  30.87 
 
 		 165 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  31.85 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 148 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.85 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  31.85 
 
 		 148 aa  79  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  35.2 
 
 		 140 aa  79  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  33.85 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  32.59 
 
 		 154 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  31.16 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 		 140 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 152 aa  71.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 151 aa  70.1  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.63 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.63 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.63 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.63 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.63 
 
 		 146 aa  68.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 148 aa  68.6  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 160 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 158 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 152 aa  60.1  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  28.81 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0628  MarR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 144 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  25.18 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  27.42 
 
 		 141 aa  55.1  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  25.71 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  27.41 
 
 		 156 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  37.23 
 
 		 143 aa  53.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  24.58 
 
 		 150 aa  52.4  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 165 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 150 aa  52  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2929  MarR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 315 aa  51.6  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0675184  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  27.91 
 
 		 147 aa  51.2  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  25.86 
 
 		 137 aa  50.4  0.000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 185 aa  50.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 168 aa  50.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  28.07 
 
 		 168 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0977  MarR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 165 aa  50.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2522  transcriptional regulator, MarR family  26.4 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.615461 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3208  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 165 aa  50.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.469767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3621  MarR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.597701 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1910  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 152 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0578168  normal  0.331204 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 170 aa  49.7  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3527  MarR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 173 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 145 aa  49.7  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000535  putative transcription regulator  28.97 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  25.19 
 
 		 149 aa  49.7  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  25.78 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3498  MarR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0866  MarR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3426  transcriptional regulator, MarR family  32.22 
 
 		 165 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  27.52 
 
 		 164 aa  48.9  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0835  transcriptional regulator, MarR family protein  36.26 
 
 		 150 aa  48.9  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>