More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1113 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 191 aa  384  1e-106  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1027  MarR family transcriptional regulator  49.11 
 
 		 173 aa  160  8.000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3333  MarR family transcriptional regulator  50.62 
 
 		 174 aa  156  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0897  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 		 159 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003137  transcriptional regulator MarR family  46.1 
 
 		 167 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0057882  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01882  hypothetical protein  46.36 
 
 		 158 aa  148  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1193  MarR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 157 aa  144  9e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0667234  hitchhiker  0.0000268164 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4148  MarR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1004  MarR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 157 aa  143  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.324282  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2736  MarR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 158 aa  142  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000198775  hitchhiker  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2761  MarR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 165 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2839  MarR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 158 aa  142  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2937  MarR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 165 aa  142  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1245  MarR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01812  transcriptional regulator, MarR family protein  44.08 
 
 		 158 aa  138  4.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000102979  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1943  transcriptional regulator, MarR family protein  45.14 
 
 		 161 aa  137  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0012648  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1328  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 158 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1151  transcriptional regulator, TrmB  46 
 
 		 162 aa  135  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.119377  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0718  regulatory protein, MarR  44.14 
 
 		 160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000013596  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1318  MarR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 158 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1354  MarR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 158 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3032  transcriptional regulator, MarR family  43.79 
 
 		 158 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0613  transcriptional regulator of MarR family protein  46.72 
 
 		 142 aa  134  6.0000000000000005e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.137964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1772  MarR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 160 aa  131  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2651  MarR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 156 aa  131  6.999999999999999e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1188  MarR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 167 aa  128  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0215  transcriptional regulator, TrmB  43.92 
 
 		 187 aa  128  6e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3007  MarR family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 182 aa  127  9.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1337  MarR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0611  transcriptional regulator of MarR family protein  45.19 
 
 		 135 aa  126  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2077  transcriptional regulator of MarR family protein  41.1 
 
 		 161 aa  124  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.323621  normal  0.679444 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0550  MarR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 167 aa  122  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4007  MarR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 148 aa  114  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.177253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1669  putative transcriptional regulator  43.65 
 
 		 157 aa  104  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19380  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 157 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0892459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2948  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 159 aa  100  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0803  transcriptional regulator, MarR family  34.25 
 
 		 177 aa  99  4e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2470  transcriptional regulator, TrmB  38.52 
 
 		 162 aa  95.9  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1577  MarR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 170 aa  90.9  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0137513 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1648  transcriptional regulator, MarR family  37.61 
 
 		 177 aa  89  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.602614 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2362  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 173 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.438216  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3272  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 154 aa  86.3  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2954  MarR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0252271 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1076  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.359856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3133  transcriptional regulator, MarR family  32.17 
 
 		 153 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34950  MarR family regulatory protein  34.62 
 
 		 153 aa  72.4  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  30 
 
 		 147 aa  68.6  0.00000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0025  transcriptional regulator, MarR family  30.99 
 
 		 172 aa  68.9  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.209709 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1040  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 156 aa  68.6  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.343203  normal  0.534786 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  30.65 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  29.38 
 
 		 159 aa  66.6  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0178  transcriptional regulator, MarR family  28.77 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  33.98 
 
 		 162 aa  64.3  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  30.7 
 
 		 153 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  31.4 
 
 		 153 aa  62  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4745  transcriptional regulator, MarR family  37.8 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.427221 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3668  transcriptional regulator, MarR family  37.8 
 
 		 147 aa  61.2  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.400003  normal  0.620653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1679  transcriptional regulator, TrmB  25.19 
 
 		 141 aa  60.5  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.995926  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1641  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 		 157 aa  60.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  29.46 
 
 		 153 aa  61.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  29.46 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1956  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 154 aa  60.8  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.720732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0519  MarR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 150 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00587381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 151 aa  60.5  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1381  transcriptional regulator, MarR family  30.22 
 
 		 167 aa  60.8  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2248  transcriptional regulator, TrmB  34.34 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  30.91 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3240  MarR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 158 aa  59.7  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.715513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1808  MarR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4558  MarR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2508  MarR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.132261  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0649  transcriptional regulator, MarR family  32.38 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0401  transcriptional regulator, MarR family  29.77 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1196  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 155 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3291  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 152 aa  59.3  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.570613  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  31.43 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  31.07 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0623  MarR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 151 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3922  MarR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 152 aa  58.9  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462082  normal  0.0695872 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2196  MarR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  31.43 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  31.43 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3912  MarR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0139173  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  30.43 
 
 		 145 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  31.43 
 
 		 150 aa  58.5  0.00000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1046  transcriptional regulator, MarR family  32.94 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.965341  hitchhiker  0.00043703 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4214  transcriptional regulator, MarR family  32.94 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000392908  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2621  MarR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276728  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4191  transcriptional regulator, MarR family  32.94 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0975535  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4585  transcriptional regulator, MarR family  31.43 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>