More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1188 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1188  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 167 aa  331  2e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3333  MarR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 174 aa  186  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01882  hypothetical protein  54.43 
 
 		 158 aa  186  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003137  transcriptional regulator MarR family  54.43 
 
 		 167 aa  182  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0057882  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0897  MarR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 159 aa  171  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01812  transcriptional regulator, MarR family protein  52.23 
 
 		 158 aa  165  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000102979  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4148  MarR family transcriptional regulator  51.95 
 
 		 181 aa  165  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1943  transcriptional regulator, MarR family protein  49.07 
 
 		 161 aa  165  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0012648  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0718  regulatory protein, MarR  52.6 
 
 		 160 aa  164  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000013596  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1027  MarR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1151  transcriptional regulator, TrmB  52.94 
 
 		 162 aa  160  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.119377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1193  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 157 aa  160  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0667234  hitchhiker  0.0000268164 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3032  transcriptional regulator, MarR family  49.35 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1328  MarR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1004  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 157 aa  159  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.324282  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1354  MarR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1318  MarR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2839  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2736  MarR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000198775  hitchhiker  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2761  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 165 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2937  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 165 aa  155  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1245  MarR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 158 aa  155  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1337  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 158 aa  154  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1772  MarR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 160 aa  153  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2651  MarR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 156 aa  150  8.999999999999999e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2077  transcriptional regulator of MarR family protein  46.58 
 
 		 161 aa  149  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.323621  normal  0.679444 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  48.25 
 
 		 191 aa  143  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0613  transcriptional regulator of MarR family protein  47.18 
 
 		 142 aa  138  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.137964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0611  transcriptional regulator of MarR family protein  45.93 
 
 		 135 aa  135  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3007  MarR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 182 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0550  MarR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 167 aa  133  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2948  MarR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 159 aa  122  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4007  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.177253  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2470  transcriptional regulator, TrmB  37.59 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0803  transcriptional regulator, MarR family  39.22 
 
 		 177 aa  100  8e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0215  transcriptional regulator, TrmB  38.89 
 
 		 187 aa  100  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19380  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 157 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0892459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1669  putative transcriptional regulator  40.83 
 
 		 157 aa  91.3  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407714  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1648  transcriptional regulator, MarR family  39.17 
 
 		 177 aa  89  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.602614 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1577  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 170 aa  84.7  5e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0137513 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3272  MarR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 154 aa  84.7  6e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34950  MarR family regulatory protein  36.36 
 
 		 153 aa  81.6  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1381  transcriptional regulator, MarR family  41.58 
 
 		 167 aa  79  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2954  MarR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 171 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0252271 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1076  MarR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 168 aa  77.4  0.00000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.359856  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0178  transcriptional regulator, MarR family  34.9 
 
 		 180 aa  76.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3133  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 153 aa  72  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2362  MarR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 173 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.438216  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2735  transcriptional regulator, MarR family  31.65 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.312377  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3575  transcriptional regulator, MarR family  33.86 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.545174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  35.65 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1956  transcriptional regulator  25.74 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.720732 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1251  MarR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.461848  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3492  transcriptional regulator, MarR family  34.75 
 
 		 178 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0025  transcriptional regulator, MarR family  31.48 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.209709 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0847  transcriptional regulator, MarR family  35.42 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0342  MarR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 147 aa  57.8  0.00000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  39.56 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1849  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000744389  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0710  MarR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 147 aa  57.4  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 153 aa  57  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0726  regulatory protein MarR  35.8 
 
 		 147 aa  57.4  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  34.31 
 
 		 162 aa  57.4  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0573  MarR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 151 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1040  transcriptional regulator, MarR family  25.64 
 
 		 156 aa  56.6  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.343203  normal  0.534786 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1236  transcriptional regulator, TrmB  31.85 
 
 		 153 aa  57  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.475364 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1641  transcriptional regulator, MarR family  35.16 
 
 		 157 aa  56.2  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3470  regulatory protein MarR  32.98 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1306  MarR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 149 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.335381  normal  0.344824 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0818  transcriptional regulator, MarR family  35.85 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1808  MarR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0061  MarR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 171 aa  55.1  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.310818 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5817  MarR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 146 aa  54.7  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.127726 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  42.47 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3597  MarR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0335  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.663008  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2559  transcriptional regulator  37.36 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.970675  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2456  transcriptional regulator, MarR family  36.14 
 
 		 168 aa  53.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.768302  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0304  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2422  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.934023  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0862  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 158 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.182256  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1483  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.553037  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1679  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 150 aa  53.9  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0021  MarR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 178 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  35 
 
 		 155 aa  53.5  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4410  MarR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 176 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3141  transcriptional regulator, MarR family  36.45 
 
 		 146 aa  53.5  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.566984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  37.08 
 
 		 157 aa  53.1  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1197  MarR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.308102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 171 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 145 aa  53.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  32.41 
 
 		 146 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 165 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>