More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0550 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0550  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 167 aa  331  3e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2839  MarR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 158 aa  140  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2761  MarR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2937  MarR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4148  MarR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 181 aa  138  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2736  MarR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000198775  hitchhiker  0.0000615291 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1943  transcriptional regulator, MarR family protein  40.26 
 
 		 161 aa  134  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0012648  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01812  transcriptional regulator, MarR family protein  41.83 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000102979  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0718  regulatory protein, MarR  40.38 
 
 		 160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000013596  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1193  MarR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0667234  hitchhiker  0.0000268164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3333  MarR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 174 aa  130  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3032  transcriptional regulator, MarR family  39.35 
 
 		 158 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0797104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1328  MarR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 158 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1354  MarR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 158 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1318  MarR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 158 aa  130  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1004  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 157 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.324282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1245  MarR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0897  MarR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 159 aa  128  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2651  MarR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1772  MarR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 160 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2077  transcriptional regulator of MarR family protein  38.85 
 
 		 161 aa  124  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.323621  normal  0.679444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1188  MarR family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 167 aa  123  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.325217 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1337  MarR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003137  transcriptional regulator MarR family  37.58 
 
 		 167 aa  122  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0057882  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1151  transcriptional regulator, TrmB  39.02 
 
 		 162 aa  121  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.119377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  39.46 
 
 		 191 aa  120  8e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3007  MarR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 182 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01882  hypothetical protein  37.25 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2948  MarR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 159 aa  118  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1027  MarR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 173 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0215  transcriptional regulator, TrmB  33.76 
 
 		 187 aa  94  9e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0613  transcriptional regulator of MarR family protein  32.61 
 
 		 142 aa  92.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.137964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0611  transcriptional regulator of MarR family protein  30.88 
 
 		 135 aa  91.3  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.320818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0803  transcriptional regulator, MarR family  34.25 
 
 		 177 aa  87.8  7e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19380  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 157 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0892459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1669  putative transcriptional regulator  35.59 
 
 		 157 aa  84  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407714  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4007  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 148 aa  77  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.177253  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1648  transcriptional regulator, MarR family  34.62 
 
 		 177 aa  73.9  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.602614 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2954  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0252271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2470  transcriptional regulator, TrmB  34.75 
 
 		 162 aa  73.2  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1076  MarR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 168 aa  67.4  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.359856  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1040  transcriptional regulator, MarR family  29.5 
 
 		 156 aa  67  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.343203  normal  0.534786 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1577  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 170 aa  67  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0137513 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0325  MarR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 150 aa  64.3  0.0000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3272  MarR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 154 aa  63.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0557  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 152 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000149259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0576  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1251  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1491  transcriptional regulator, MarR family  27.91 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1450  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 148 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1106  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 140 aa  60.5  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1253  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1226  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.194022  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1228  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1352  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1425  transcriptional regulator, MarR family  27.97 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689424 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34950  MarR family regulatory protein  34.59 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0962  MarR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 140 aa  59.7  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000434573  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3570  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.247728 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3299  transcriptional regulator, MarR family  35.1 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.416393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5537  transcriptional regulatory protein  31.25 
 
 		 161 aa  58.5  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.91468  normal  0.282365 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3956  transcriptional regulator, MarR family  27.13 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.410327 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0791  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 152 aa  58.2  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000107079  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1388  transcriptional regulator, MarR family  27.13 
 
 		 148 aa  58.2  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0730  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 152 aa  57.8  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.378661  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1703  transcriptional regulator MarR family  34.29 
 
 		 172 aa  57.8  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.135356  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2362  MarR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 173 aa  57.4  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.438216  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2327  MarR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 139 aa  57.8  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3470  regulatory protein MarR  35.48 
 
 		 147 aa  57.4  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0573  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 152 aa  57.4  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.588346  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0270  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 142 aa  57.4  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0719  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.5947e-17 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0629  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0572  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000763093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0662  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 152 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000590636  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 143 aa  57.4  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 143 aa  57  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6203  regulatory protein, MarR  34.91 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187647  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0986  MarR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1060  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3884  putative transcriptional regulator  31.03 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4644  transcriptional regulator, MarR family  29.82 
 
 		 152 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297134  unclonable  1.87332e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0694  transcriptional regulator, MarR family  29.82 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00121928  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2101  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 163 aa  55.8  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0043362  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3133  transcriptional regulator, MarR family  28.86 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1718  transcriptional regulator, MarR family  28.43 
 
 		 159 aa  55.8  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0115  regulatory protein, MarR  33.33 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0627652  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4899  transcriptional regulator, MarR family  36.7 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529551  normal  0.428583 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2581  MarR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 167 aa  54.7  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.562153 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4118  MarR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5762  MarR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3826  MarR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4542  MarR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  0.070316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1893  regulatory protein, MarR  35.66 
 
 		 172 aa  54.3  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.447554  normal  0.734981 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4437  Transcriptional regulators-like protein  40 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0232347  hitchhiker  0.00593821 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0178  transcriptional regulator, MarR family  29.93 
 
 		 180 aa  53.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2297  regulatory protein, MarR  34.92 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2735  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 150 aa  53.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.312377  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3575  transcriptional regulator, MarR family  30.47 
 
 		 173 aa  53.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.545174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4487  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 180 aa  53.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000975501  hitchhiker  0.000429514 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>