More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4316 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 152 aa  298  2e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  56.74 
 
 		 152 aa  140  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 163 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 145 aa  99.8  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 171 aa  92.8  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  42.62 
 
 		 167 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  38.19 
 
 		 154 aa  89.4  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  40.98 
 
 		 154 aa  87.8  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  40.77 
 
 		 144 aa  88.2  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  40.98 
 
 		 154 aa  87.8  5e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 184 aa  87  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 163 aa  84.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.38 
 
 		 157 aa  84.3  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  38.52 
 
 		 179 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 140 aa  81.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 161 aa  80.5  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 144 aa  80.1  0.000000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  37.04 
 
 		 164 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  34.68 
 
 		 140 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  35.29 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.07 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.29 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  35.29 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  34.07 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 155 aa  76.6  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  35.29 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.29 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.29 
 
 		 145 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  38.24 
 
 		 140 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 140 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 155 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 146 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.56 
 
 		 145 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 146 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 155 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 155 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 148 aa  73.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.96 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.96 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.96 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  32.31 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  33.09 
 
 		 165 aa  73.2  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.96 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.96 
 
 		 146 aa  73.2  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  32.31 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.31 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  32.31 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 148 aa  72  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 165 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  30.5 
 
 		 140 aa  70.1  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 174 aa  68.2  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 158 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 151 aa  67.4  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 158 aa  65.5  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 166 aa  63.5  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0833  transcriptional regulator, MarR family  42.67 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.119984  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0086  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 156 aa  60.5  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  32.29 
 
 		 150 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_003296  RS05199  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 154 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000214035  normal  0.0753058 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 150 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7223  MarR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 141 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.648034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0013  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 142 aa  57  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.75941  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10897  MarR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6436  transcriptional regulator, MarR family  29.73 
 
 		 153 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.408457 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5020  MarR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.44347 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4555  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.334202  normal  0.226975 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4851  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228768  normal  0.062609 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4468  MarR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 143 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  28.89 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1940  regulatory protein MarR  39.19 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.792334  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 145 aa  53.5  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 143 aa  53.5  0.0000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1028  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.663158  hitchhiker  0.00390139 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 		 161 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3216  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 174 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0422342 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0767  transcriptional regulator, MarR family  38.03 
 
 		 150 aa  52.8  0.000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0874  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 158 aa  52.4  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.211566  normal  0.0694607 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0540  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 140 aa  52.4  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.20796  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1252  regulatory protein MarR  39.73 
 
 		 146 aa  52.4  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.906766  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3628  hypothetical protein  34.86 
 
 		 149 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0952966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0279  MarR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 165 aa  52  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159434  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  25 
 
 		 147 aa  52  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0269  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 138 aa  52  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01430  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 161 aa  51.6  0.000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0606  MarR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 151 aa  52  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0747738  normal  0.0914644 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1564  transcriptional regulator, MarR family  34.65 
 
 		 159 aa  51.6  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0866699 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1910  MarR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1547  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 148 aa  51.6  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2928  MarR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 143 aa  51.6  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.442252 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02870  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 157 aa  51.2  0.000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 143 aa  51.2  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1597  MarR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 160 aa  51.2  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0818  transcriptional regulator, MarR family  35.14 
 
 		 144 aa  51.2  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>