More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3544 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  100 
 
 		 140 aa  287  3e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 140 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 140 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 140 aa  103  8e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  40.74 
 
 		 140 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.88 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.88 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.88 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  37.88 
 
 		 165 aa  101  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 148 aa  100  9e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  41.13 
 
 		 140 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  37.98 
 
 		 144 aa  97.4  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 171 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  38.46 
 
 		 167 aa  94  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 151 aa  90.5  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.43 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.43 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.43 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.43 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.43 
 
 		 146 aa  89.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 		 179 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 155 aa  88.2  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.88 
 
 		 155 aa  88.2  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  35.88 
 
 		 155 aa  88.2  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 146 aa  87.8  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 155 aa  87.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 155 aa  87.4  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  36.3 
 
 		 154 aa  85.5  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 158 aa  85.9  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 178 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  36.97 
 
 		 157 aa  84  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 163 aa  84  7e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 144 aa  83.6  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 161 aa  82.8  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  37.19 
 
 		 154 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 154 aa  82.8  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  37.5 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  35.25 
 
 		 150 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 150 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 184 aa  80.1  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 148 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.1 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 174 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.1 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.1 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.1 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 166 aa  77.8  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.1 
 
 		 145 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.1 
 
 		 145 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 145 aa  75.9  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  36.29 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 152 aa  70.1  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 153 aa  57.4  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  33.33 
 
 		 92 aa  56.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  32.5 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0619  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4687  hypothetical protein  28.06 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000161275  normal  0.469864 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1742  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  26.96 
 
 		 170 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  31.87 
 
 		 156 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1651  transcriptional regulator, MarR family  27.05 
 
 		 140 aa  53.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.20136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 148 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  24.58 
 
 		 159 aa  52.8  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22260  transcriptional regulator  43.75 
 
 		 206 aa  51.6  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.348983 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1547  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 148 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187738 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5382  transcriptional regulator, MarR family  32.14 
 
 		 157 aa  50.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5688  transcriptional regulator  34.15 
 
 		 154 aa  50.8  0.000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.153344  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 158 aa  50.4  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 141 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6203  regulatory protein, MarR  28.24 
 
 		 150 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187647  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  31.65 
 
 		 144 aa  50.1  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 147 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0220  MarR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 143 aa  49.7  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06220  transcriptional regulator, MarR family  29.01 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 141 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  34.52 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  25.98 
 
 		 142 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  23.26 
 
 		 158 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 137 aa  49.7  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  34.52 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2313  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 147 aa  48.9  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.708353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  26.83 
 
 		 159 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  33.33 
 
 		 153 aa  48.9  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20780  transcriptional regulator, MarR family  27.35 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 170 aa  48.5  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2271  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  32.1 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 137 aa  48.1  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0218  MarR family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1098  MarR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 171 aa  48.1  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  32.1 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 151 aa  48.1  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2407  MarR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 167 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.445055  normal  0.878491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>