More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_04231 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  100 
 
 		 148 aa  305  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  100 
 
 		 165 aa  305  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  99.32 
 
 		 148 aa  302  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  99.32 
 
 		 148 aa  302  8.000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  99.32 
 
 		 148 aa  302  9.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  83.06 
 
 		 146 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  83.06 
 
 		 146 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  83.06 
 
 		 146 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  83.06 
 
 		 146 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  83.06 
 
 		 146 aa  222  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  66.44 
 
 		 155 aa  208  3e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  66.44 
 
 		 155 aa  208  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 155 aa  208  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  67.15 
 
 		 151 aa  198  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 140 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  51.16 
 
 		 140 aa  141  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 140 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  52.54 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 146 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 155 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 148 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  46.04 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 155 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  46.04 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  46.04 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.04 
 
 		 145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.04 
 
 		 145 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.04 
 
 		 145 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 155 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 146 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 155 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.32 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 140 aa  117  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  40.15 
 
 		 167 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  42.54 
 
 		 144 aa  110  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 163 aa  102  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  42.02 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  37.88 
 
 		 140 aa  101  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  36.17 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  37.68 
 
 		 154 aa  94.7  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 184 aa  94.4  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 154 aa  93.2  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 161 aa  91.3  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  37.88 
 
 		 154 aa  90.1  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 171 aa  89.7  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 158 aa  89  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  45.98 
 
 		 92 aa  87.8  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  34.33 
 
 		 150 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 150 aa  86.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 178 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 145 aa  84.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  37.3 
 
 		 164 aa  84.7  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  36.51 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 144 aa  81.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 163 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 161 aa  79  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 166 aa  74.7  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 152 aa  72.4  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 174 aa  72.4  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0283  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1176  transcriptional regulator, TrmB  33.64 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.713709  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1193  transcriptional regulator, TrmB  33.64 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2326  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 158 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1203  transcriptional regulator, TrmB  33.64 
 
 		 146 aa  59.7  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.529625  normal  0.0362733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  28.91 
 
 		 142 aa  59.3  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  28.24 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0038  MarR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0962  MarR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 140 aa  58.2  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000434573  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4993  MarR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 169 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1106  MarR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 140 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0722  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 175 aa  57  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.702858  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  28.79 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1540  regulatory protein, MarR  31.82 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0757127  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6797  transcriptional regulator, MarR family  31.07 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000341321  decreased coverage  0.0000000109708 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  27.56 
 
 		 161 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 147 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 151 aa  55.1  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0310  transcriptional regulator, MarR family  25.49 
 
 		 135 aa  54.3  0.0000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3332  transcriptional regulator, MarR family  29.1 
 
 		 138 aa  54.3  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.610644  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12901  transcriptional regulator  27.62 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.562288  normal  0.906652 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  29.41 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0578  transcriptional regulator, MarR family protein  27.54 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  31.07 
 
 		 155 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03887  transcriptional regulator MarR family  28.26 
 
 		 152 aa  53.9  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1184  MarR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 168 aa  53.9  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.535813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  27.07 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  27.07 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  27.07 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 156 aa  53.5  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  27.07 
 
 		 134 aa  53.5  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20780  transcriptional regulator, MarR family  26.06 
 
 		 152 aa  53.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0401  transcriptional regulator, MarR family  28.46 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2122  MarR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 169 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000649422  normal  0.111554 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>