More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3588 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  100 
 
 		 164 aa  323  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  81.37 
 
 		 179 aa  254  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  76.22 
 
 		 178 aa  242  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  70 
 
 		 171 aa  187  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 184 aa  147  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 166 aa  120  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 163 aa  118  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  45.16 
 
 		 157 aa  118  3.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 154 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  43.94 
 
 		 167 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 161 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  42.96 
 
 		 154 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 161 aa  105  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  41.91 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  42.22 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 140 aa  100  8e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  40.94 
 
 		 144 aa  95.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 140 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 150 aa  94.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  40 
 
 		 140 aa  94.4  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  39.17 
 
 		 150 aa  92.4  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 151 aa  90.5  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 140 aa  90.5  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 144 aa  88.6  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.4 
 
 		 145 aa  87.8  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.4 
 
 		 145 aa  87.8  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  39.2 
 
 		 145 aa  87.4  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  39.83 
 
 		 140 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  38.4 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  38.4 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.4 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  38.4 
 
 		 145 aa  86.7  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 152 aa  85.9  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 146 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 155 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  37.3 
 
 		 165 aa  85.1  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.3 
 
 		 148 aa  84.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 158 aa  84.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.3 
 
 		 148 aa  84.7  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.3 
 
 		 148 aa  84.7  5e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 145 aa  84  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 148 aa  82.4  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  37.5 
 
 		 140 aa  82  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  39.68 
 
 		 155 aa  82  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 174 aa  82  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 155 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  39.68 
 
 		 155 aa  82  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 155 aa  82  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 148 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 152 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.14 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.14 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.14 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.14 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.14 
 
 		 146 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 163 aa  73.2  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  31.25 
 
 		 147 aa  63.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 158 aa  63.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  29.23 
 
 		 161 aa  58.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 145 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 161 aa  54.7  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  27.42 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4036  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0057  MarR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 185 aa  53.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.584189  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3331  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 155 aa  53.1  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.376124  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  31.06 
 
 		 159 aa  52.8  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1683  MarR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.857494 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  33.65 
 
 		 162 aa  51.6  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 153 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 153 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1281  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 134 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.781724  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1608  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 151 aa  51.2  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0698671 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0586  MarR family regulatory protein  35.14 
 
 		 164 aa  50.4  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.7562  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6436  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 153 aa  50.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.408457 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0350  MarR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4312  MarR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001045  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  28.93 
 
 		 152 aa  50.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  25.58 
 
 		 143 aa  49.7  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  35.53 
 
 		 153 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21070  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 143 aa  49.7  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1567  transcriptional regulator, MarR family  25.69 
 
 		 141 aa  49.7  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3365  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 161 aa  49.7  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal  0.177926 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  32.08 
 
 		 151 aa  50.1  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2562  MarR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 156 aa  48.9  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR protein  34.94 
 
 		 92 aa  48.9  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0362  MarR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 147 aa  48.9  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  29 
 
 		 156 aa  48.9  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0424  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 155 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.476244  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0404  MarR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>