271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1215 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 174 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 158 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  44.44 
 
 		 150 aa  140  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  47.79 
 
 		 148 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 146 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 155 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.27 
 
 		 145 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  46.27 
 
 		 145 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.27 
 
 		 145 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  46.27 
 
 		 145 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  46.27 
 
 		 145 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.27 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  46.27 
 
 		 145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 146 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  38.62 
 
 		 154 aa  111  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  43.57 
 
 		 144 aa  110  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  40.15 
 
 		 154 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  40.15 
 
 		 154 aa  108  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 140 aa  90.1  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  37.76 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  39.83 
 
 		 140 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 140 aa  89  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  40.18 
 
 		 140 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 163 aa  86.7  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  35.77 
 
 		 157 aa  87  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 161 aa  86.3  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 166 aa  86.3  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  36.36 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 154 aa  81.3  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  38.4 
 
 		 155 aa  80.9  0.000000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 155 aa  80.9  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 184 aa  80.9  0.000000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.4 
 
 		 155 aa  80.9  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 140 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  33.59 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 151 aa  73.6  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  31.65 
 
 		 165 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.33 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  33.33 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  33.33 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.82 
 
 		 146 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.82 
 
 		 146 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.82 
 
 		 146 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.82 
 
 		 146 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  34.82 
 
 		 146 aa  70.5  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  34.58 
 
 		 167 aa  70.1  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 144 aa  61.6  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 145 aa  60.1  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5382  transcriptional regulator, MarR family  32.84 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0108  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  37.97 
 
 		 152 aa  55.5  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.879191 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3415  MarR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0058743 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2803  transcriptional regulator, MarR family  34.18 
 
 		 170 aa  55.5  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3189  regulatory protein, MarR  37.89 
 
 		 144 aa  53.9  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0061  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.310818 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 149 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4312  MarR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 150 aa  53.1  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0880  regulatory protein, MarR  31.87 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 163 aa  53.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 152 aa  52.4  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  36.71 
 
 		 150 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1808  MarR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 159 aa  52  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1910  MarR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 159 aa  52  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.852737  normal  0.275089 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5560  MarR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 170 aa  51.2  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813118  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0649  transcriptional regulator, MarR family  33.72 
 
 		 150 aa  51.2  0.000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0200  transcriptional regulator, MarR family  35.87 
 
 		 159 aa  51.2  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3762  MarR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 150 aa  50.8  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.425599  hitchhiker  0.00135953 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1207  transcriptional regulator, MarR family  35.48 
 
 		 146 aa  50.8  0.000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000193075 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4554  transcriptional regulator, MarR family  35.44 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4364  MarR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4200  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  35.44 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4211  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  35.44 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.151141  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4410  MarR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4699  MarR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 150 aa  50.4  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3178  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 154 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.137994  normal  0.81725 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1966  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 151 aa  50.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000123545  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  27.17 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4823  MarR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.477223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1770  MarR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 155 aa  50.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4558  MarR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  37.97 
 
 		 153 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4585  transcriptional regulator, MarR family  32.56 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2842  MarR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3738  transcriptional regulator, MarR family  30.85 
 
 		 153 aa  49.3  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000310515  hitchhiker  0.00461263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3233  MarR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.550723  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1134  MarR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  37.97 
 
 		 153 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4880  MarR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368926  hitchhiker  0.00140951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2483  transcriptional regulator, MarR family  29.7 
 
 		 156 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.758038  normal  0.560924 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2617  MarR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 160 aa  48.9  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.279233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3980  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 153 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.436486  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4687  hypothetical protein  30 
 
 		 161 aa  48.9  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00000161275  normal  0.469864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>