More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1709 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1709  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 178 aa  350  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592382  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4278  transcriptional regulator, MarR family  75.57 
 
 		 179 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00638818  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3588  homoprotocatechuate degradation transcriptional regulator HpaR  76.22 
 
 		 164 aa  242  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.561471  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2942  MarR family transcriptional regulator  66.91 
 
 		 171 aa  169  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.930234 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0810  MarR family transcriptional regulator  55.47 
 
 		 184 aa  141  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0300222  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  48.48 
 
 		 167 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 		 163 aa  125  5e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  50 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  45.11 
 
 		 166 aa  114  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1592  transcription regulator protein  44.72 
 
 		 154 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2463  MarR family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1953  transcriptional regulator, MarR family  42 
 
 		 154 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0121252 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1625  transcriptional regulator, MarR family  44.72 
 
 		 154 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 161 aa  104  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1336  MarR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 161 aa  103  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0246  transcriptional regulator, MarR family  43.94 
 
 		 144 aa  100  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 140 aa  100  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3505  MarR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 145 aa  100  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000513952 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0956  homoprotocatechuate degradation operon regulator HpaR  41.54 
 
 		 140 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.199121  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0624  MarR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 151 aa  97.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 140 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4194  MarR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2027  MarR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 150 aa  92  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0422371 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5823  transcriptional regulator, MarR family  36.23 
 
 		 150 aa  89.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186038  normal  0.534085 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3287  MarR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 146 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.341859  normal  0.150177 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4307  MarR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 152 aa  89.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 144 aa  89.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4136  MarR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 155 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.332929  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4230  MarR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 155 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0771683 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1784  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 155 aa  88.6  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.902391  normal  0.204207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 140 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10480  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 140 aa  87.8  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4126  MarR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 146 aa  87  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.486697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2262  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.41 
 
 		 145 aa  86.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0937  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.41 
 
 		 145 aa  86.7  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3652  MarR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 155 aa  86.7  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.437335  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04231  Homoprotocatechuate degradative operon repressor  38.1 
 
 		 148 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4891  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.1 
 
 		 148 aa  85.9  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2366  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  40.48 
 
 		 155 aa  85.9  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.738628  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04197  hypothetical protein  38.1 
 
 		 165 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4585  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  38.1 
 
 		 148 aa  85.9  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2462  MarR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 155 aa  85.9  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1649  homoprotocatechuate degradative operon repressor  40.48 
 
 		 155 aa  85.9  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.976372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3701  MarR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 148 aa  85.5  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.156019 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1022  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.41 
 
 		 145 aa  85.1  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.299298  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1141  homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.41 
 
 		 145 aa  85.1  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.132048  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3544  general secretion pathway protein G  36.72 
 
 		 140 aa  85.1  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000274638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1514  homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.41 
 
 		 145 aa  85.1  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0687296  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0099  homoprotocatechuate degradative operon repressor  37.41 
 
 		 145 aa  85.1  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.19526  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4375  MarR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 148 aa  84.7  7e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.906445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1736  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.41 
 
 		 145 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0455429  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1215  MarR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.940566  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 152 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1210  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.29 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.763682  normal  0.971845 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1195  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.29 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.711605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1164  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.29 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0126682  normal  0.965749 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1175  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.29 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.051458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1059  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  37.29 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1560  MarR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 163 aa  64.3  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.853327  normal  0.443205 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2174  transcriptional regulator, MarR family  33.98 
 
 		 165 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.789823  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  29.69 
 
 		 147 aa  62.8  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2456  transcriptional regulator, MarR family  33.98 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.768302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  30.7 
 
 		 158 aa  60.5  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  31.25 
 
 		 168 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0057  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.584189  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 161 aa  60.1  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0960  MarR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 146 aa  58.5  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.305429  normal  0.461467 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1578  MarR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0267314 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1641  transcriptional regulator, MarR family  28.79 
 
 		 157 aa  57  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.176874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  33.67 
 
 		 153 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2913  MarR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 145 aa  55.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0474  transcriptional regulator, MarR family  30.63 
 
 		 155 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0483  MarR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 151 aa  55.8  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0397178 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 165 aa  54.7  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0623  MarR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003355  MarR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00113981  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1979  MarR family transcriptional regulator  20.54 
 
 		 148 aa  54.3  0.0000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.293759  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0840  transcriptional regulator, MarR family  27.62 
 
 		 140 aa  53.9  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.779945  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  32.63 
 
 		 153 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2325  transcriptional regulator, MarR family  31.09 
 
 		 162 aa  54.3  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0434242 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  34.07 
 
 		 153 aa  54.3  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  25.76 
 
 		 165 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 164 aa  53.9  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4271  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 156 aa  53.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0653897  normal  0.661065 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0914  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 156 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2151  MarR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 153 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.680053 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0649  transcriptional regulator, MarR family  32.5 
 
 		 150 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2661  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 145 aa  52.4  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00131118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1517  MarR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 141 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.446452  normal  0.0147514 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1584  MarR family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 141 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119163  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1235  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 144 aa  52.4  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.236148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3332  transcriptional regulator, MarR family  27.78 
 
 		 150 aa  52.4  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116904  hitchhiker  0.00204772 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4312  MarR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 150 aa  52.4  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0573  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 151 aa  52.4  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4603  transcriptional regulator, MarR family  32.5 
 
 		 150 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2956  MarR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 153 aa  52.4  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.119179 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2891  transcriptional regulator, MarR family  31.07 
 
 		 143 aa  52  0.000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.749218  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1113  transcriptional regulator, TrmB  23.97 
 
 		 191 aa  51.6  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 142 aa  52  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>