More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2769 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2769  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 174 aa  346  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4993  MarR family transcriptional regulator  73.37 
 
 		 169 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0083  MarR family transcriptional regulator  60.74 
 
 		 176 aa  198  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.645413  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3618  transcriptional regulator, MarR family  54.04 
 
 		 167 aa  178  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5248  transcriptional regulator, MarR family  57.31 
 
 		 172 aa  174  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0549534  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2690  transcriptional regulator, MarR family  55.15 
 
 		 175 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179811  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3655  MarR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 163 aa  162  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00553213  normal  0.217217 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3181  regulatory protein, MarR  33.97 
 
 		 159 aa  94  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0732  MarR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 167 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1001  transcriptional regulator, MarR family  36.49 
 
 		 167 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.106704  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3804  MarR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 185 aa  85.5  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546626 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3527  MarR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 173 aa  84.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2581  MarR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 167 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.562153 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7166  transcriptional regulator, MarR family  38.1 
 
 		 187 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.567049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0280  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 186 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1928  MarR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 181 aa  74.3  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00769589  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 162 aa  73.6  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0047  MarR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0038  MarR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 162 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3239  transcriptional regulator, MarR family  32.92 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0448278  normal  0.196721 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2897  MarR family transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  71.6  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2359  MarR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0133707  normal  0.534803 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0049  MarR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 162 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3507  MarR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 140 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0146152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0022  MarR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 162 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0694337  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0048  MarR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 162 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407046  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0067  MarR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 162 aa  67  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4070  MarR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 185 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3230  MarR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 163 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.9526  normal  0.272965 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0604  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 		 146 aa  65.1  0.0000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.21182  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3146  MarR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5446  MarR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 219 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  0.668367 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5843  MarR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 200 aa  64.3  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2992  MarR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 167 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.598417  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0600  MarR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582812  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2106  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2193  MarR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.255124  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1561  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.175593  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0722  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2294  transcriptional regulator, MarR family protein  32.8 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2043  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.756399  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0874  transcriptional regulator, MarR family  36.36 
 
 		 158 aa  62  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.211566  normal  0.0694607 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1511  transcriptional regulator, MarR family  32.33 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2703  MarR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 137 aa  62  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1031  transcriptional regulator, MarR family  32.32 
 
 		 152 aa  61.2  0.000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5039  transcriptional regulator, MarR family  30.56 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3946  transcriptional regulator, MarR family  29.93 
 
 		 194 aa  60.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0859911 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3833  transcriptional regulator, MarR family  29.93 
 
 		 194 aa  60.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3618  MarR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.271372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9024  Transcriptional regulators-like protein  33.64 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0830  MarR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 161 aa  60.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.170998  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1216  hypothetical protein  33.04 
 
 		 139 aa  60.8  0.000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3793  transcriptional regulator MarR family  35.71 
 
 		 180 aa  60.8  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0743996  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1555  MarR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.709951  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2587  MarR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 142 aa  60.1  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.443857  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3234  transcriptional regulator, MarR family  34.4 
 
 		 154 aa  60.5  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.255403  hitchhiker  0.00212329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  31.43 
 
 		 153 aa  60.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1210  hypothetical protein  33.04 
 
 		 139 aa  60.1  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0592  MarR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 161 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4564  Transcriptional regulators-like protein  36.7 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  0.0271107 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7901  transcriptional regulator, MarR family  35.19 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0628  regulatory protein MarR  27.61 
 
 		 157 aa  59.3  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0861  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1701  transcriptional regulator, MarR family  34.96 
 
 		 144 aa  58.5  0.00000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000687846 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2454  transcriptional regulator, MarR family  34.88 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 165 aa  58.5  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 139 aa  58.2  0.00000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4490  MarR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 162 aa  58.2  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1213  transcriptional regulator, MarR family  30.14 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 142 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1607  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02009  putative transcription regulator protein  29.93 
 
 		 201 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.644925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0628  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.382396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2533  MarR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.491693  normal  0.727231 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1784  MarR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.674772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2628  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 142 aa  56.6  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00233343  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0640  transcriptional regulator, MarR family  28.71 
 
 		 145 aa  56.6  0.0000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0410706  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0037  transcriptional regulator, MarR family  33.08 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26700  transcriptional regulator, MarR family  32.28 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.297674 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0087  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1677  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2735  transcriptional regulator, MarR family  36.9 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.312377  normal  0.13872 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0546  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2958  transcriptional regulator, MarR family  32.64 
 
 		 155 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal  0.827828 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5651  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0956535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1702  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00165311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0537  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.075487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1651  MarR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 172 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.902908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4212  MarR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.526532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5723  transcriptional regulator, MarR family  30.95 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.778127 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2265  transcriptional regulator, MarR family  37.23 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2143  regulatory protein, MarR  28.69 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1495  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.256865 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003644  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 160 aa  55.5  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.989469  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 178 aa  55.5  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>