More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1028 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1028  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 146 aa  298  1e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.663158  hitchhiker  0.00390139 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1387  transcriptional regulator, MarR family  49.26 
 
 		 142 aa  142  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1523  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 		 137 aa  142  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  35.54 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  35.54 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  39.6 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5039  transcriptional regulator, MarR family  32.37 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1491  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 148 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0494  MarR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 163 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.143828  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1450  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 148 aa  73.6  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1388  transcriptional regulator, MarR family  30.36 
 
 		 148 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  34.68 
 
 		 157 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3956  transcriptional regulator, MarR family  30.36 
 
 		 148 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.410327 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1253  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1226  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.194022  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1251  MarR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1228  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1425  transcriptional regulator, MarR family  30.36 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689424 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1352  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5147  transcriptional regulator, TrmB  42.55 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0142176 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2619  transcriptional regulator, MarR family  33.06 
 
 		 167 aa  72  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2992  MarR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 167 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.598417  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1634  transcriptional regulator, MarR family  42.53 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0355019  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2977  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.704241  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0576  MarR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 155 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3146  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 168 aa  68.2  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2632  MarR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.256033  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2327  MarR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 139 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 149 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2105  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 153 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.81628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1869  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 153 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0125341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2230  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 153 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00353505  normal  0.420745 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2687  MarR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 164 aa  66.2  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.352075 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2391  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 164 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.631724  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0592  MarR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 161 aa  65.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0557  MarR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000149259  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1756  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763992 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2046  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2531  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 173 aa  65.1  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4070  MarR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25260  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 163 aa  65.1  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.113734  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0573  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 152 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.588346  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 147 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2099  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00262035  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2042  MarR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0690708 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1200  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2373  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000204338  normal  0.22854 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1680  MarR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.32582  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2241  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.117879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2101  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1844  MarR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 141 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3618  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 158 aa  63.9  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.271372 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1060  MarR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 162 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0362  MarR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 147 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4026  MarR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 204 aa  63.9  0.0000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1213  transcriptional regulator, MarR family  32.76 
 
 		 186 aa  63.5  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2256  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 159 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000254584  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2690  transcriptional regulator, MarR family  31.06 
 
 		 175 aa  63.5  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179811  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2089  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 159 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000354665  normal  0.0829013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1669  putative transcriptional regulator  33.63 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.407714  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0730  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.378661  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0791  transcriptional regulator, MarR family  33.7 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000107079  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0629  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383532  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0572  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000763093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0662  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000590636  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0942  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 164 aa  62.8  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.388439 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03440  transcriptional regulator, MarR family  36.11 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.495444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0719  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.5947e-17 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2693  MarR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 157 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.116761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4644  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000297134  unclonable  1.87332e-26 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7166  transcriptional regulator, MarR family  33.96 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.567049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0694  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 152 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00121928  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1315  MarR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146285  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19380  putative transcriptional regulator  33.63 
 
 		 157 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0892459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0783  MarR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 158 aa  62  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0515  MarR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0136032 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1972  MarR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.195696  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1567  transcriptional regulator, MarR family  28.7 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06409  hypothetical protein  31.03 
 
 		 138 aa  61.6  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2076  MarR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 139 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0841252 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3259  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 167 aa  61.2  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0457343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2484  transcriptional regulator, MarR family  32.41 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.105548  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0803  transcriptional regulator, MarR family  31.5 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4490  MarR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 162 aa  60.8  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0280  MarR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 186 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0701  transcriptional regulator, MarR family  30.47 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255287  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1653  MarR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 177 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.959419  normal  0.745484 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2533  MarR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 139 aa  60.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.491693  normal  0.727231 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0390  transcriptional regulator, MarR family  39.53 
 
 		 165 aa  60.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.471092  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1437  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1677  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 172 aa  60.5  0.000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1651  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 172 aa  60.5  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.902908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1702  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 172 aa  60.5  0.000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00165311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1956  transcriptional regulator  26.28 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.720732 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3624  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1750  transcriptional regulator, MarR family  25.69 
 
 		 149 aa  59.3  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3332  transcriptional regulator, MarR family  35.63 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.610644  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1828  MarR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0229599 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4366  MarR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 165 aa  60.1  0.00000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  29.91 
 
 		 161 aa  58.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>