149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3138 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3138  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 182 aa  363  1e-100  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2519  MarR family transcriptional regulator  89.82 
 
 		 169 aa  297  5e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.106367 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4174  MarR family transcriptional regulator  75.41 
 
 		 186 aa  261  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3885  MarR family transcriptional regulator  72.53 
 
 		 185 aa  258  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0480045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4853  transcriptional regulator, MarR family  74.57 
 
 		 183 aa  248  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1387  MarR family transcriptional regulator  70.27 
 
 		 185 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.207985  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1738  MarR family transcriptional regulator  76.07 
 
 		 169 aa  235  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182936  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2557  MarR family transcriptional regulator  66.42 
 
 		 183 aa  186  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2614  transcriptional regulator, MarR family  55.09 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.68039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6016  MarR family transcriptional regulator  54.37 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0276025 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2586  regulatory protein MarR  54.12 
 
 		 191 aa  169  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2809  transcriptional regulator, MarR family  60.28 
 
 		 191 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.716089 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3012  transcriptional regulator, MarR family  55.97 
 
 		 163 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2244  MarR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 160 aa  165  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7271  transcriptional regulator, MarR family  57.78 
 
 		 184 aa  164  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2749  transcriptional regulator, MarR family  55.35 
 
 		 163 aa  164  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.399599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2270  MarR family transcriptional regulator  53.16 
 
 		 172 aa  161  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.689924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2510  transcriptional regulator, MarR family  55.63 
 
 		 179 aa  159  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1520  MarR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 179 aa  159  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.935208  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1470  MarR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 237 aa  159  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1645  MarR family transcriptional regulator  57.25 
 
 		 173 aa  157  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4070  MarR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 181 aa  157  6e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.650138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3163  transcriptional regulator MarR family  58.46 
 
 		 154 aa  156  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165579  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2141  MarR family transcriptional regulator  59.23 
 
 		 174 aa  154  5.0000000000000005e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2224  MarR family transcriptional regulator  55.81 
 
 		 179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2800  MarR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 169 aa  121  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1139  MarR family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 169 aa  118  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453374  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0851  MarR family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 172 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.277928  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3300  transcriptional regulator  43.41 
 
 		 168 aa  115  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0093  MarR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 169 aa  112  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.560358 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2925  MarR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 170 aa  109  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.652436 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2787  MarR family transcriptional regulator  50 
 
 		 169 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3510  transcriptional regulator, MarR family  45.87 
 
 		 167 aa  102  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3578  transcriptional regulator, MarR family  45.87 
 
 		 167 aa  101  6e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3429  MarR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 152 aa  97.4  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.063999  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2601  MarR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 172 aa  97.8  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.62528 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3286  transcriptional regulator, MarR family  44.6 
 
 		 183 aa  96.3  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3619  MarR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 157 aa  95.1  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43140  MarR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 158 aa  94.7  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00364645  normal  0.320995 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4078  MarR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 175 aa  94.7  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.419804 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2652  MarR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 151 aa  94  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2708  regulatory protein MarR  39.39 
 
 		 151 aa  94  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2518  MarR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 160 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000237934  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2241  transcriptional regulator, putative  36.11 
 
 		 148 aa  89.4  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2292  MarR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 158 aa  88.6  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00249883  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0772  MarR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 146 aa  87.4  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1793  MarR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 160 aa  86.3  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.390587  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2894  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 160 aa  85.9  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000195714  normal  0.301041 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2441  transcriptional regulator, MarR family  37.86 
 
 		 160 aa  85.9  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0799382  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2312  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 160 aa  85.1  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.986519  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2233  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 160 aa  85.1  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.476984  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2487  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 160 aa  85.1  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.229452  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2582  transcriptional regulator, MarR family  36.89 
 
 		 160 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000123065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2508  transcriptional regulator, MarR family  32.8 
 
 		 160 aa  85.1  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.888447 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2280  MarR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 160 aa  85.1  5e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0185424  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0046  MarR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 187 aa  85.1  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2672  MarR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.273141  normal  0.798793 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3279  MarR family transcriptional regulator  39 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861844  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1840  regulatory protein, MarR  36.3 
 
 		 156 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.076526  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1988  MarR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 147 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27646  hitchhiker  0.00136525 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1712  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 147 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2086  MarR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 155 aa  64.7  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.788837  hitchhiker  0.000000978102 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 160 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  28.69 
 
 		 161 aa  52.8  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2138  MarR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 157 aa  52.4  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.14968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  26.5 
 
 		 144 aa  49.7  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4344  MarR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 144 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.747818  normal  0.0412659 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  27.35 
 
 		 144 aa  49.7  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7636  MarR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 159 aa  49.3  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.582154 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6026  MarR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 325 aa  49.3  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 156 aa  48.9  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  26.5 
 
 		 144 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  26.5 
 
 		 144 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396376  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  26.5 
 
 		 144 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1511  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 159 aa  47.8  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  26.5 
 
 		 144 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  26.79 
 
 		 148 aa  47.8  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  26.5 
 
 		 144 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  26.5 
 
 		 144 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  26.5 
 
 		 146 aa  47.8  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0617  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 153 aa  47.8  0.00009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3246  MarR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 147 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1554  transcriptional regulator SlyA  27.35 
 
 		 146 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1541  transcriptional regulator SlyA  27.35 
 
 		 146 aa  47.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.294149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6596  transcriptional regulator, MarR family  31.58 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155903 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  27.35 
 
 		 146 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  27.35 
 
 		 146 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  27.35 
 
 		 146 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2110  regulatory protein, MarR  27.03 
 
 		 163 aa  46.2  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.450646  normal  0.261342 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1028  MarR family transcriptional regulator  22.32 
 
 		 167 aa  45.8  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0413  MarR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 151 aa  46.2  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.019986  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 174 aa  45.4  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 146 aa  45.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4054  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 323 aa  45.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0352596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1419  transcriptional regulator, MarR family  31.03 
 
 		 149 aa  45.1  0.0005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000012413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 146 aa  45.1  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3151  transcriptional regulator, MarR family  35.53 
 
 		 193 aa  45.1  0.0006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.355975  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  32.17 
 
 		 164 aa  45.1  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4350  MarR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>