180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2244 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2244  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
160 aa  327  3e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402427  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3012  transcriptional regulator, MarR family  79.14 
 
 
163 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2749  transcriptional regulator, MarR family  78.42 
 
 
163 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.399599  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1645  MarR family transcriptional regulator  63.64 
 
 
173 aa  191  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2141  MarR family transcriptional regulator  66.2 
 
 
174 aa  189  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223544  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3163  transcriptional regulator MarR family  65.73 
 
 
154 aa  188  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165579  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1520  MarR family transcriptional regulator  62.68 
 
 
179 aa  186  9e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.935208  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1470  MarR family transcriptional regulator  62.68 
 
 
237 aa  186  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2270  MarR family transcriptional regulator  58.67 
 
 
172 aa  174  6e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.689924  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2557  MarR family transcriptional regulator  62.69 
 
 
183 aa  172  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4174  MarR family transcriptional regulator  63.64 
 
 
186 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4853  transcriptional regulator, MarR family  62.88 
 
 
183 aa  169  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1387  MarR family transcriptional regulator  59.57 
 
 
185 aa  167  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.207985  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3138  MarR family transcriptional regulator  61.36 
 
 
182 aa  165  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1738  MarR family transcriptional regulator  62.12 
 
 
169 aa  165  2.9999999999999998e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.182936  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7271  transcriptional regulator, MarR family  60.61 
 
 
184 aa  163  9e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6016  MarR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
226 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0276025 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2519  MarR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
169 aa  161  4.0000000000000004e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.106367 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3885  MarR family transcriptional regulator  60.61 
 
 
185 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0480045  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2809  transcriptional regulator, MarR family  66.67 
 
 
191 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.716089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2586  regulatory protein MarR  66.67 
 
 
191 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2614  transcriptional regulator, MarR family  66.67 
 
 
187 aa  154  7e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.68039 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2510  transcriptional regulator, MarR family  55.15 
 
 
179 aa  149  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4070  MarR family transcriptional regulator  58.02 
 
 
181 aa  140  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.650138  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3300  transcriptional regulator  51.94 
 
 
168 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2224  MarR family transcriptional regulator  53.49 
 
 
179 aa  132  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0093  MarR family transcriptional regulator  50.39 
 
 
169 aa  130  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.560358 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2800  MarR family transcriptional regulator  48.84 
 
 
169 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1139  MarR family transcriptional regulator  48.06 
 
 
169 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.453374  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2925  MarR family transcriptional regulator  47.29 
 
 
170 aa  121  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.652436 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0851  MarR family transcriptional regulator  49.61 
 
 
172 aa  122  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.277928  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2601  MarR family transcriptional regulator  51.94 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.62528 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2787  MarR family transcriptional regulator  53.54 
 
 
169 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0772  MarR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
146 aa  103  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3510  transcriptional regulator, MarR family  44.44 
 
 
167 aa  103  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3578  transcriptional regulator, MarR family  44.44 
 
 
167 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3429  MarR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
152 aa  102  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.063999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3619  MarR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
157 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4078  MarR family transcriptional regulator  47.41 
 
 
175 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.419804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43140  MarR family transcriptional regulator  42.06 
 
 
158 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00364645  normal  0.320995 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2518  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
160 aa  98.6  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000237934  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2292  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
158 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00249883  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2894  transcriptional regulator, MarR family  34.07 
 
 
160 aa  96.3  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000195714  normal  0.301041 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2441  transcriptional regulator, MarR family  34.07 
 
 
160 aa  95.5  3e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0799382  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2582  transcriptional regulator, MarR family  34.07 
 
 
160 aa  94.7  5e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000123065  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3286  transcriptional regulator, MarR family  44.19 
 
 
183 aa  93.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2312  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.986519  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2280  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0185424  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2233  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.476984  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2487  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.229452  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2508  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.888447 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2241  transcriptional regulator, putative  39.32 
 
 
148 aa  89.4  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1988  MarR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
147 aa  87.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27646  hitchhiker  0.00136525 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1793  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
160 aa  87.4  7e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.390587  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2672  MarR family transcriptional regulator  34.4 
 
 
145 aa  87  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.273141  normal  0.798793 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3279  MarR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
148 aa  84.7  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861844  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1712  MarR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
147 aa  84.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1840  regulatory protein, MarR  36.21 
 
 
156 aa  83.6  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.076526  normal  0.360744 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0046  MarR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
187 aa  83.6  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.283785 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2652  MarR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
151 aa  82.4  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2708  regulatory protein MarR  35.43 
 
 
151 aa  82.4  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2086  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.788837  hitchhiker  0.000000978102 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4043  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
326 aa  51.2  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.529285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2185  MarR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
148 aa  50.8  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0547398  normal  0.15658 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02870  transcriptional regulator  32.41 
 
 
157 aa  50.8  0.000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4501  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
336 aa  50.8  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
146 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  25.38 
 
 
165 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4464  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
143 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6596  transcriptional regulator, MarR family  27.62 
 
 
140 aa  48.9  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000155903 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1907  MarR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
146 aa  48.1  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.663626 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2136  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
142 aa  47.8  0.00006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00095835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4238  MarR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
146 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2149  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
142 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4128  MarR family transcriptional regulator  27.12 
 
 
146 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  normal  0.462864 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2195  MarR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
142 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0273493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
165 aa  47  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0075  MarR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
143 aa  47  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2138  MarR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
157 aa  47  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.14968  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5097  transcriptional regulator, MarR family  27.07 
 
 
151 aa  46.2  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2813  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 
160 aa  45.8  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0313232  normal  0.34427 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  28.87 
 
 
158 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0023  transcriptional regulator, TrmB  31.52 
 
 
151 aa  45.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2239  transcriptional regulator, MarR family  36.84 
 
 
146 aa  45.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222685  normal  0.0457312 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1921  MarR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
169 aa  45.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124747  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  27.93 
 
 
134 aa  45.4  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3391  MarR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
146 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4630  MarR family transcriptional regulator  26.21 
 
 
321 aa  45.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0488  MarR family transcriptional regulator  25.69 
 
 
160 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.123923  normal  0.124611 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2254  MarR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
144 aa  45.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3538  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
153 aa  45.1  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0682  MarR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
157 aa  44.7  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4344  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
144 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.747818  normal  0.0412659 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 
164 aa  45.1  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
155 aa  44.7  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1619  transcriptional regulator  31.58 
 
 
158 aa  44.3  0.0006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00285215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
155 aa  44.3  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0517  transcriptional regulator, MarR family  26.62 
 
 
161 aa  44.7  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
174 aa  44.7  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1502  MarR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
157 aa  44.3  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>