192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4032 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  100 
 
 		 162 aa  329  1e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  59.74 
 
 		 161 aa  200  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 151 aa  112  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 168 aa  110  6e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 154 aa  110  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  34.07 
 
 		 149 aa  99.8  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 164 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  34.04 
 
 		 164 aa  95.1  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 144 aa  94  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 159 aa  90.1  1e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 159 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  32.89 
 
 		 160 aa  88.2  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  34.56 
 
 		 137 aa  88.2  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 150 aa  86.7  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  31.62 
 
 		 151 aa  85.5  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  36.76 
 
 		 165 aa  84.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 185 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 152 aa  80.5  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 165 aa  79  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  29.93 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 168 aa  78.2  0.00000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 175 aa  77.4  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 170 aa  77  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  28.67 
 
 		 174 aa  75.5  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  33.86 
 
 		 150 aa  75.5  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 304 aa  75.1  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  73.9  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 152 aa  72  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  36.76 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 144 aa  70.5  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  28.47 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  34.07 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 173 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 149 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1152  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 179 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.327782  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0252  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 179 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0908  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 304 aa  67  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 147 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1960  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 145 aa  65.1  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  26.62 
 
 		 166 aa  64.7  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5793  transcriptional regulator, MarR family  22.52 
 
 		 186 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  28.15 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 183 aa  61.2  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 154 aa  60.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2052  transcriptional regulator, MarR family  25.68 
 
 		 180 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000132777 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 151 aa  57.8  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2359  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 153 aa  57  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1859  transcriptional regulator, MarR family  33.64 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 152 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  26.05 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1979  transcriptional regulator  29 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.590401  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0270  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 148 aa  53.9  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1331  MarR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 149 aa  53.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.524109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3268  MarR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 199 aa  53.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976958 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3191  MarR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 140 aa  53.5  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0359  MarR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 154 aa  52.4  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000080599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  22.54 
 
 		 144 aa  52.4  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  28.04 
 
 		 139 aa  52.4  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 139 aa  52  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 178 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  28.04 
 
 		 139 aa  51.2  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 209 aa  50.8  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4762  transcriptional regulator, MarR family  29.32 
 
 		 166 aa  50.8  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 161 aa  50.8  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 172 aa  50.8  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5895  putative transcriptional regulator  25.55 
 
 		 156 aa  50.8  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 139 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  24.48 
 
 		 158 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 141 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 174 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>