272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3574 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 174 aa  341  4e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 171 aa  144  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5793  transcriptional regulator, MarR family  49.04 
 
 		 186 aa  129  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  44.59 
 
 		 168 aa  124  8.000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4468  transcriptional regulator, TrmB  49.3 
 
 		 206 aa  103  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160154  normal  0.0294539 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 		 158 aa  86.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1800  MarR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 183 aa  79  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.79218  normal  0.50534 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  31.62 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 149 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  28.67 
 
 		 162 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 159 aa  75.9  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2052  transcriptional regulator, MarR family  31.94 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000132777 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  32.58 
 
 		 149 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 185 aa  74.3  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 159 aa  74.3  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 168 aa  73.9  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 144 aa  72  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  28.79 
 
 		 149 aa  70.1  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  29.29 
 
 		 164 aa  70.5  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 175 aa  70.1  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  34.09 
 
 		 151 aa  67  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 169 aa  67  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 151 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  32.12 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 150 aa  64.7  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 152 aa  64.3  0.0000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  25.56 
 
 		 170 aa  64.3  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 138 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 161 aa  63.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 173 aa  62  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 164 aa  60.5  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 148 aa  60.5  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 149 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3073  MarR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 165 aa  58.9  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  26.36 
 
 		 165 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  35.96 
 
 		 144 aa  57  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 145 aa  56.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0978  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  31.13 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 172 aa  55.5  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 152 aa  55.1  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2998  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 154 aa  54.7  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.414929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1729  regulatory protein, MarR  29.63 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  31.13 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4316  MarR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 139 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1041  regulatory protein, MarR  30 
 
 		 165 aa  53.9  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.610773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  26.42 
 
 		 141 aa  53.9  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 148 aa  53.9  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  32.65 
 
 		 150 aa  52.4  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  30.19 
 
 		 167 aa  52.8  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0811  transcriptional regulator, MarR family  29.31 
 
 		 149 aa  52  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.770437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  29.25 
 
 		 139 aa  52  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 147 aa  52  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0938  MarR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 165 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00631452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7584  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 147 aa  51.6  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.380555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2691  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 178 aa  51.2  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759324 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2498  transcriptional regulator, MarR family  33.65 
 
 		 153 aa  51.2  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447141 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 143 aa  51.6  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 143 aa  51.6  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 162 aa  51.2  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5077  MarR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 153 aa  51.2  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 		 162 aa  51.2  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2076  MarR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 139 aa  50.8  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0841252 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1723  MarR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 171 aa  50.8  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0111  transcriptional regulator, MarR family  30.36 
 
 		 147 aa  50.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3494  MarR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 140 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748077 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 156 aa  50.4  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2759  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1537  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 144 aa  50.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.510368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 150 aa  49.7  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1582  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 179 aa  50.1  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1384  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 198 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1423  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 191 aa  49.7  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>