184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3873 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 172 aa  346  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 174 aa  210  5.999999999999999e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 164 aa  77.8  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 152 aa  72.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 		 149 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  30.47 
 
 		 149 aa  72  0.000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 154 aa  72  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 158 aa  70.5  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  28.47 
 
 		 162 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  30.94 
 
 		 171 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 168 aa  67.4  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  29.2 
 
 		 164 aa  67  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  28.99 
 
 		 165 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 160 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 165 aa  64.7  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 175 aa  64.3  0.0000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0651  MarR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 172 aa  63.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 173 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  31.25 
 
 		 150 aa  62  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 149 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 171 aa  61.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 159 aa  61.2  0.000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 144 aa  60.8  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 156 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 148 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 138 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  30.16 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 149 aa  57.4  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05520  multidrug resistance operon repressor MexR  30.53 
 
 		 147 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4476  MarR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 174 aa  56.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3933  transcriptional regulator, MarR family  28.95 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  30.84 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  28.93 
 
 		 174 aa  55.5  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 144 aa  54.7  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 149 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1130  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 148 aa  53.9  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 163 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  28.99 
 
 		 170 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 150 aa  53.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 178 aa  52.4  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3922  MarR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 152 aa  52  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462082  normal  0.0695872 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 163 aa  51.6  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  31.29 
 
 		 161 aa  51.6  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 163 aa  51.6  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0524  multidrug resistance operon repressor MexR  29.77 
 
 		 147 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 149 aa  51.6  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3268  MarR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 199 aa  51.2  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00976958 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 151 aa  51.2  0.000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 161 aa  51.2  0.000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  24.19 
 
 		 166 aa  51.2  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3229  transcriptional regulator HosA  31.43 
 
 		 134 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.880017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3125  transcriptional regulator HosA  31.43 
 
 		 134 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0371002 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3041  transcriptional regulator HosA  31.43 
 
 		 134 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3070  transcriptional regulator HosA  31.43 
 
 		 134 aa  50.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.739807 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3109  transcriptional regulator HosA  31.43 
 
 		 134 aa  50.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2508  MarR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 158 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.132261  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  30.93 
 
 		 168 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 147 aa  49.7  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4459  transcriptional regulator, MarR family  28.92 
 
 		 167 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00777339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 140 aa  50.1  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 165 aa  49.3  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 139 aa  48.9  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  27.54 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 165 aa  48.5  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  30.43 
 
 		 158 aa  48.5  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 152 aa  48.5  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 144 aa  48.1  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5701  MarR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 184 aa  47.8  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0574544  normal  0.0180901 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 163 aa  47.8  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>