More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2620 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
152 aa  309  1e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  52.9 
 
 
145 aa  150  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
148 aa  97.1  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  37.32 
 
 
151 aa  97.1  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  46 
 
 
152 aa  96.7  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  38.06 
 
 
149 aa  89.7  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  37.69 
 
 
160 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
154 aa  84.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  37.23 
 
 
158 aa  84  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  40.46 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  34.81 
 
 
164 aa  81.3  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
144 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  36 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
144 aa  78.2  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  37.4 
 
 
165 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
185 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
147 aa  74.7  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  38.33 
 
 
150 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
159 aa  71.2  0.000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
143 aa  70.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
159 aa  70.5  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  32.79 
 
 
148 aa  70.5  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  38.03 
 
 
170 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  23.84 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  28.46 
 
 
150 aa  65.1  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  27.59 
 
 
161 aa  63.2  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  27.69 
 
 
162 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
152 aa  62.8  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5793  transcriptional regulator, MarR family  25.37 
 
 
186 aa  62.8  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
163 aa  61.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  26.06 
 
 
174 aa  60.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  28.86 
 
 
147 aa  60.8  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  24.81 
 
 
171 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1794  MarR family transcriptional regulator  27.74 
 
 
209 aa  59.7  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  31.21 
 
 
150 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  29.37 
 
 
168 aa  57.8  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
171 aa  57.4  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  27.94 
 
 
158 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  29.6 
 
 
171 aa  57  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1620  MarR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
140 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664296  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2739  transcriptional regulator, MarR family  29.13 
 
 
157 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340689  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  30.94 
 
 
178 aa  54.7  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  25.5 
 
 
161 aa  54.3  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0098  MarR family transcriptional regulator  34 
 
 
166 aa  54.3  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  27.07 
 
 
168 aa  53.9  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3908  transcriptional regulator, TrmB  25.45 
 
 
148 aa  53.5  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  24.43 
 
 
166 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1428  MarR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
164 aa  53.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.256408 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1482  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
163 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.914228  normal  0.421582 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1026  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
163 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  29.89 
 
 
170 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1506  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
163 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4647  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
163 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167247  normal  0.261087 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2558  MarR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
165 aa  52.4  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5032  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2878  MarR family transcriptional regulator  26.39 
 
 
161 aa  52.4  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.149923 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1388  MarR family transcriptional regulator  25.87 
 
 
164 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1443  MarR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
178 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  29.86 
 
 
152 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1028  MarR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
146 aa  51.6  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.663158  hitchhiker  0.00390139 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
191 aa  51.6  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0259  transcriptional regulator, MarR family  32.74 
 
 
171 aa  51.6  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.623858  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1040  transcriptional regulator, MarR family  28.69 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.69196e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1128  transcriptional regulator, MarR family  28.69 
 
 
152 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
156 aa  51.2  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3781  MarR family transcriptional regulator  30.19 
 
 
164 aa  51.2  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0264  MarR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
171 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000861696 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0879  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
152 aa  50.8  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.544594  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0861  MarR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
152 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0997  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1055  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283145  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1922  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0312  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 
146 aa  50.4  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1501  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340787  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1746  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0867491  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1749  MarR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
164 aa  50.4  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0321002 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0169  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00968003  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1769  MarR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
165 aa  50.4  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238439  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0900  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
152 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0958  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
152 aa  50.4  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1045  MarR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
152 aa  50.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.734934  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2317  MarR family transcriptional regulator  43.33 
 
 
150 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
156 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  24.29 
 
 
142 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3441  MarR family transcriptional regulator  25.19 
 
 
174 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3470  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
144 aa  49.7  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344225  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0853  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
152 aa  48.9  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1163  MarR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
163 aa  48.5  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1216  transcriptional regulator, MarR family  30.85 
 
 
149 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298093  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1001  transcriptional regulator, MarR family  26.36 
 
 
152 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1067  homoprotocatechuate degradation operon regulator, HpaR  25.21 
 
 
157 aa  48.5  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.023606  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0229  transcriptional regulator, MarR family  26.17 
 
 
151 aa  48.5  0.00004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1295  putative transcription regulator protein  34.09 
 
 
147 aa  48.1  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260048  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1223  transcriptional regulator, MarR family with acetyltransferase activity  29.79 
 
 
312 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0304  MarR family transcriptional regulator  25.96 
 
 
160 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0350  transcriptional regulator, MarR family  25.96 
 
 
160 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>