More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1014 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1014  regulatory protein, MarR  100 
 
 		 170 aa  345  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.137304  normal  0.145225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0902  MarR family transcriptional regulator  85.29 
 
 		 165 aa  292  2e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5157  transcriptional regulator, MarR family  82.94 
 
 		 165 aa  281  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.14169  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0562  MarR family transcriptional regulator  69.74 
 
 		 185 aa  224  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.490708 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1301  MarR family transcriptional regulator  56.03 
 
 		 144 aa  159  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.630849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1198  transcriptional regulator, MarR family  50.99 
 
 		 150 aa  142  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3334  transcriptional regulator, TrmB  38.99 
 
 		 151 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2455  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 148 aa  95.9  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1042  transcriptional regulator, MarR family  39.42 
 
 		 160 aa  95.1  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.465044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1374  MarR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 148 aa  92  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1995  MarR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 158 aa  87.4  8e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.911966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2739  MarR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 144 aa  87  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04217  transcriptional regulator MarR/emrR family  34.06 
 
 		 149 aa  85.9  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3866  MarR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 150 aa  86.3  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1325  MarR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 168 aa  83.2  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1302  MarR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 154 aa  82.4  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3392  MarR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 140 aa  82.4  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0284351 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4032  transcriptional regulatory protein  36.76 
 
 		 162 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0606552 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0634  MarR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.353254 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3190  MarR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2620  MarR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 152 aa  79.3  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3740  transcriptional regulator, MarR family  36 
 
 		 164 aa  77.8  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1073  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 152 aa  77.8  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.136141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1122  MarR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 151 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2337  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.585939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3612  MarR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.463026  normal  0.818554 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7252  transcriptional regulator, MarR family  32.81 
 
 		 170 aa  71.2  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1346  MarR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 149 aa  70.9  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0685392  normal  0.0717875 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1844  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 149 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.851332  hitchhiker  0.00903999 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1914  MarR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 149 aa  70.5  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.202978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3117  MarR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 156 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2740  MarR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 169 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2076  transcriptional regulator, MarR family  28.08 
 
 		 171 aa  69.3  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2058  MarR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 159 aa  68.2  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000115689  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0743  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.841359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0832  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 159 aa  67.4  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.431988  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5227  MarR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 149 aa  67  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1949  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0745921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2116  MarR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6153  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.834602  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1926  MarR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 149 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.609155  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3813  MarR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 147 aa  65.1  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363185  normal  0.48019 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2328  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.217001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2485  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 173 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1903  transcriptional regulator, MarR family  28.26 
 
 		 149 aa  64.3  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0221368  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1469  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3343  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119035  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2369  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275534  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1236  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322451  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1962  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 149 aa  64.7  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02537  putative regulatory protein, MarR  35.45 
 
 		 137 aa  64.3  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000779312  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1592  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0532297  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2834  MarR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 152 aa  63.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3873  putative transcriptional regulator  28.99 
 
 		 172 aa  63.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0174769  normal  0.875929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0728  MarR/EmrR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0914  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.423224  normal  0.223625 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3546  MarR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 143 aa  61.2  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212621  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2299  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 149 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3945  MarR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 145 aa  60.8  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.341405 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0259  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1008  MarR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 151 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.467576  normal  0.750434 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5322  MarR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 152 aa  58.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2122  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0472416  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1341  MarR family transcriptional regulator  30 
 
 		 156 aa  58.2  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.116793  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1152  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.327782  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0252  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2531  MarR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3574  transcriptional regulator, MarR family  26.36 
 
 		 174 aa  57.8  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3592  MarR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0908  MarR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1960  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3073  MarR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 170 aa  57  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0041  transcriptional regulator, MarR family  37.38 
 
 		 170 aa  57  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5723  transcriptional regulator, MarR family  30.07 
 
 		 150 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1098  MarR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  24.32 
 
 		 168 aa  55.8  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2106  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2193  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.255124  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1561  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.175593  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0722  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1489  transcriptional regulator, MarR family  27.66 
 
 		 158 aa  54.7  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2043  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.756399  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0600  MarR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 212 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.582812  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7681  CbaR  27.97 
 
 		 166 aa  54.3  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0113297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0294  MarR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5307  transcriptional regulator, MarR family  28.17 
 
 		 178 aa  52.4  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1821  transcription regulator protein  29.63 
 
 		 147 aa  52  0.000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.676106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 139 aa  52  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0651  transcriptional regulator, MarR family  28.76 
 
 		 161 aa  52  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0337  MarR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 191 aa  52  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.732334  normal  0.045327 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2416  MarR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 223 aa  51.2  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.241585 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6318  transcriptional regulator, MarR family  23.88 
 
 		 145 aa  50.8  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 147 aa  50.8  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1313  regulatory protein MarR  31.19 
 
 		 165 aa  50.1  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2400  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 137 aa  50.4  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3545  MarR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 163 aa  50.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.2487  normal  0.476183 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1483  MarR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.715105  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4296  MarR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 161 aa  49.3  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 174 aa  50.1  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>